随着经济全球化的发展，现代企业的交易日益复杂，内部控制对于企业管理工作的重要性越来越突出，它既衡量着现代企业的管理水平，又保证着企业的可持续发展。有效的内部控制可以堵塞企业管理上的漏洞，预防发生错误，避免舞弊的动机，保持企业经营管理的平稳有序，并可预防及避免企业风险，同时也可以为内外部审计提供依据和基础，为企业经营管理保驾护航，最终服务于“企业价值最大化”这一目标的实现。内部控制制度并不是孤立存在的，它的建立和完善离不开公司治理水平的不断提高。公司治理是内部控制的基础和保障，有效的内部控制也是完善公司内部治理机制的重要手段，有利于保障利益相关者的利益，而股权结构作为公司治理的产权基础，会直接影响到企业各要素的配置效率和公司控制权的安排，影响到内部控制制度是否能够科学的制定与有效的执行，因此，股权结构与内部控制的有效性息息相关。本文以我国上市商业银行为样本探讨了股权结构对内部控制有效性的影响，主要分为理论分析、行业分析以及案例分析三个部分。首先，阐述了股权结构与公司治理的相关理论，并按照股权结构-公司治理-内部控制这一逻辑路线从理论方面分析了股权结构对内部控制有效性的作用机制；其次，对我国16家上市商业银行行了行业特点分析，从股权集中度和股权性质两个方面统计分析了现阶段我国上市商业银行股权结构的特点，阐述了相关监管部门对商业银行内部控制的有关规定以及目前我国商业银行内部控制的发展现状；再次，本文从我国16上市商业银行中，选择了中信银行、招商银行、浦发银行、民生银行四家商业银行为案例样本，在控制其他影响因素的基础上，通过对比其股权结构，2009-2011年三年的内部控制目标实现情况以及内部控制自我评价报告的披露以及审计状况，得出结论：相对集中型的股权结构以及存在制衡性股东的情况下内部控制更加有效；在股权结构较分散的情况下，第一大股东为国有性质时，内部控制有效性更强。最后，结合案例分析的结论，提出了我国商业银行提高内部控制有效性的相应对策。