基于生态系统健康的环境管理是海洋环境质量管理的发展趋势，目前，关于生态系统健康的研究已有不少报道，但还没有形成成熟的评价方法。以往的生态健康评价方法主要以单一要素的评价为主，比如水质评价、富营养化评价、生物多样性评价等。然而，海洋生态系统是一个复杂的、各个要素相互关联的庞大复合体，因此这些单一要素的评价通常缺乏对海洋生态健康状况的总体把握。所以，这种单一要素的评价方法已经不能满足我国海洋生态综合管理的需求，亟需建立一套适于我国海域特点的海洋生态系统健康评价体系。本论文对海洋生态系统健康的研究从评价方法和案例研究两个方面展开。首先，本论文调研了大量的国内外关于生态系统健康评价方法的研究，针对研究海域的特点，确定了如下的评价思路：利用压力-状态-响应框架建立海洋生态系统健康评价指标体系，从陆源压力、水质状态和生物响应三个方面综合表征海洋生态健康状况；以欧盟水框架指令为指导，借鉴赫尔辛基委员会建立的海洋生态系统健康评价方法，以EQR指数的形式展示海洋生态系统健康的评价结果。案例研究的内容主要包括：（1）山东半岛及其沿岸海域的区域概况，从自然地理和社会经济两个方面简要地介绍了该研究区域的特点；（2）结合2006年的现场采集数据和社会经济数据，对整个山东半岛近岸海域的生态系统健康状况做了较为客观的评价，并分析了各评价要素之间的联系，同时找出了关键的致害因素；（3）利用2006-2009年的现场采集数据和社会经济数据，评价了莱州湾海域的生态系统健康状况，分析了该海域生态系统健康状况的年际变化，采用AMBI指数法评价了底栖生态质量状况，并比较其与EQR指数法的区别和联系。本文以山东半岛地域特点和现有资料为基础，利用PSR模型的原理构建了山东半岛近海生态系统健康评价指标体系。结合赫尔辛基委员会所建立的海洋生态系统健康评价方法，对山东半岛近岸海域生态系统健康评价做了探索性研究。虽然本研究在评价指标体系、评价标准等方面仍存在不足之处，但总体上已能够较为全面客观地反映山东半岛近岸海域的生态系统健康状况，对以后海洋生态系统健康的方法研究具有一定的参考价值。