检察机关在侦办职务犯罪的过程中，结合自身的实践工作形成了有利于其侦破职务犯罪案件的初查程序，职务犯罪初查程序是在办案机关的实践过程当中形成的产物。其具体内容是指是办案机关在掌握的职务犯罪案件线索的前提下，对这些案件线索是否符合立案标准，可以对该案件进行立案之前，办案机关对于其所掌握的职务犯罪案件线索进行的审查，在犯罪初查的过程中还需要展开一些必要的调查活动，在犯罪初查的过程中可以审查与该职务犯罪案件相关的线索，与举报和控告职务犯罪案件的相关人员进行调查过程中的谈话，通过与这些人员的谈话收集对于侦办职务犯罪案件有重要作用的信息，以便检察机关侦破案件。但是由于现行立法对职务犯罪初查没有对其在法律上的地位予以明确的规定，使其在法律上还处于一种模糊不清的状态。由于职务犯罪初查的法律地位不是很明确，这就导致了办案机关在司法实践过程当中遇到了许多的问题。理论界和实务界对职务犯罪的性质、概念和特征存在着较大的分歧，职务犯罪初查制度面临着法律地位不清、法律依据不明确和法律性质不清晰等理论困惑。　　检察机关在办案过程中使用的犯罪初查方法相对简单;被调查人员在职务犯罪过程中其自身的合法权利得不到很好的保障;在初查过程中办案人员所取得的对侦破案件有用的证据，其法律上的效力不是很明确，使这些证据在随后的司法程序中得不到很好的利用，造成了不必要的浪费;在不能合理配置初查权的情况下，使职务犯罪初查自身的功能得不到很好的发挥。要解决上述种种问题，首当其冲的就是要完善我国的刑事立法，首先，从法律上对职务犯罪初查的概念做出明确的规定，从而将针对职务犯罪的办案活动归纳入刑事诉讼法律的规范当中，在立法上明确其合法地位。这样有利于在犯罪初查的过程中保障公民的权利。其次，改变不能合理配置职务犯罪初查权的现状，如使检察机关在侦办职务犯罪案件的过程中所取得对侦破案件有关的证据，在随后的诉讼过程中得到很好的利用，改变职务犯罪初查手段单一的现状，使这些手段丰富多样化。第三，在检察机关侦办职务犯罪案件的过程当中制定明确的工作规程，并在司法实践中不断的改进和规范办案工作程序，对于检察机关在侦办职务犯罪案件过程所取得的案件线索建立科学合理的管理系统，充实和改进侦办职务犯罪案件初查的方式，在办理职务犯罪案件的过程中要明确初查的目的，以监督为保障，确保检察机关在有效监督的前提下合理的进行职务犯罪初查。最后，还要建立有利于检察机关行使职务犯罪初查权的相关制度，保障职务犯罪初查权的合理运用，规避犯罪初查权在行使过程中可能出现的弊端，防止重罪变成轻罪结果的发生，确保司法公正，执法严格。