随着生物制药产业逐渐成为世界发展竞争的焦点,我国越来越重视生物制药行业的发展。目前生物制药行业在国内处于有利的的发展状态,政府对行业的补贴、各种优惠政策的出台以及潜在的巨大市场,都对生物制药行业的发展形成了支持优势,但同时由于产品的高标准与高要求性,整个行业的发展也存在一些问题,可能会出现产品科技成果转化率低、出现产品质量问题、企业运营困难等问题。所以,探究与分析我国生物制药行业上市公司绩效水平是非常有必要的。本文综述国内外学者的研究,分析了生物制药行业的现状,以可持续发展理论为依据,根据生物制药行业的特点、发展环境与发展定位,结合平衡记分卡从财务、客户、内部流程、学习与成长四个角度出发,确立生物制药企业的具体战略目标,并根据战略目标选取19个关键指标,形成生物制药企业绩效评价指标体系。而且为了分析生物制药企业的共性,找出各企业绩效发展存在的问题,通对企业绩效评价方法的比较分析,确定了本文选用灰色关联分析法与聚类分析相结合的绩效评价方法。并以我国21家生物制药行业上市公司2016-2018年的数据为样本,运用熵权法计算各指标权重,灰色关联法进行各企业绩效的纵向与横向对比分析,在计算出各企业横向绩效得分后,采用聚类分析法对21生物制药行业上市公司进行分类。通过实证分析得出最后结论:生物制药行业公司绩效水平普遍不高,竞争激烈;客户维度与内部流程维度的发展好坏对生物制药公司绩效水平的影响较大;生物制药公司多方面发展都不均衡,都存在能力短板;生物制药公司深受行业政策的影响;且各企业对社会责任的履行需提到战略目标高度。说明生物制药企业在发展的过程中还存在多种问题,整个行业的绩效水平还有待提高。论文最后对生物制药企业如何提高绩效水平提出建议,以期能为今后学者研究生物制药行业的绩效评价提供参考。