迂回环绕在黔、桂、滇三省(区)之间的万峰湖,形成时间虽短,但却跻身于全国五大淡水湖之列,是“珠三角”经济区的重要水源供给地。对流域生态环境的保护,直接关系到两岸几十万人民的生产生活和可持续发展,关系到“珠三角”经济区的稳定。由于近年来经济社会的不断发展,万峰湖流域受水产养殖、城镇生活污水、工业及农村面源等污染影响,水质不断恶化,再加之跨行政区域的性质,给地方政府的治理带来了挑战。在当下污染防治攻坚战作为决胜全面建成小康社会的三大攻坚战之一的大背景下,打好碧水保卫战作为题中之义对万峰湖流域水污染的治理提出了更高的要求。本文从行政管理学的角度出发,运用整体性治理理论作为万峰湖流域水污染治理研究的理论工具,通过整体性治理理论分析框架的四个维度:治理理念、组织结构、运行机制和技术系统,对万峰湖流域水污染治理的现状,问题及原因进行分析,发现现阶段万峰湖流域水污染治理由于各地方政府治理目标和占有资源的差异,分割型管理体制的限制,协调保障机制不完善,政策制度化保障不健全等原因存在着地方政府缺乏全流域统一的治理理念,流域治理主体的整合功能有限,整体协调和联动机制不完善,治理手段呈现碎片化等治理困境。万峰湖流域水污染的治理受到各级地方政府的重视,地方政府治理目标的实现,要求不断深化体制机制改革,不同区域不同部门之间相互协作配合,调动各种社会力量的参与积极性,深入开发和应用互联网信息技术。因此,提出当前水污染的治理主体应该树立共同价值理念,建立全流域权威统一的管理机构,并整合多元协作的力量,完善协调联动机制,整合信息技术资源、丰富治理手段的整体性治理策略,以解决当前治理的碎片化困境,促进全流域经济、社会、生态的可持续性发展。