《联合国海洋法公约》的批准和实施,为我国带来了在更广阔的管辖海域内开展海洋活动、开发利用海洋的重要机遇。虽然我国在海洋管辖方面,已经取得了诸多进展,但随着国际形势和国内海洋管理机构的调整,对我国海洋管理机构管辖权的行使提出了新的要求和挑战。目前,纵观我国海洋管辖行使现状,虽然政府在海洋法公约的指导下,通过《中华人民共和国领海和毗连区法》、《中国人民共和国专属经济区和大陆架法》确定了海洋管辖权的范围,并制定了《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》及其配套的规章制度。但随着国家海洋局的重组,海洋管辖权行使主体在管辖权行使过程中存在海洋执法机构协调性不足、海洋法律体系不完善、海洋执法能力不足等一些需要解决的问题。因此,对海洋管辖权的行使主体、权限和职责方面有进一步研究的必要。本文以国家海洋局重组为背景,通过对海洋管辖权概念的理解,进一步分析了海洋管辖权主体对管辖权的行使,发现我国海洋管理部门在管辖权行使方面所面临的主要问题。通过综合分析在国际公约及国内相关法律的框架下我国海洋管理部门管辖权的具体范围和管辖权实施时存在的主要问题,找到一些建议和策略,为完善海洋管理部门海洋管理提供了明确的思考方向。最后从相关法律体系的完善、海洋执法机构间协调机制建立和海上执法能力的提升几个方面进行思考,系统的提出完善海洋管理部门管辖权行使的构想。