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采用中心产区典型群随机抽样方法检测70只巴音布鲁克羊7个微卫星位点的遗传多态性,并引用湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊和乌珠穆沁羊(参照群体)相同资料进行群体遗传分化水平分析。研究表明:(1)巴音布鲁克羊7个微卫星位点的平均杂合度为0.8208;多态信息含量为0.8091;有效等位基因数为6.9550,可见巴音布鲁克羊的遗传变异程度较高。(2)小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊和乌珠穆沁羊5个绵羊群体7个微卫星位点基因分化系数为0.026254;小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊、乌珠穆沁羊和巴音布鲁克羊6个绵羊群体7个微卫星位点基因分化系数为0.039272,表明5个绵羊群体间基因分化程度较低。但加入巴音布鲁克羊群体后基因分化系数明显增大,说明巴音布鲁克羊与其他5个绵羊品种间的遗传分化较大。(3) 7个微卫星标记表明湖羊和同羊关系最近聚为一类,滩羊、乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,巴音布鲁克羊与其他群体关系最远,独立出来。群体间的遗传关系远近与其所处的地理位置远近表现出显著相关。以巴音布鲁克羊为研究对象,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳、水平聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳、水平聚丙烯酰胺凝胶电泳、淀粉凝胶电泳和原子吸收法检测编码血液蛋白11个结构基因座上的变异,引用国内以相同检测工艺得到的湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊(参照群体)群体资料进行比较分析,探讨其遗传分化关系。研究表明:(1)巴音布鲁克羊11个结构基因座平均杂合度为0.3514;品均多态信息含量为0.2900;平均有效等位基因数为1.7832,可见巴音布鲁克羊在遗传变异程度较高。(2)小尾寒羊、同羊、湖羊和滩羊4个绵羊群体11个结构基因座基因分化系数为0.086841;小尾寒羊、同羊、湖羊、滩羊和巴音布鲁克羊5个绵羊群体11个结构基因座基因分化系数为0.120705,表明绵羊群体间基因分化程度较低。但加入巴音布鲁克羊群体后基因分化系数明显增大,说明巴音布鲁克羊与其他4个绵羊品种间的遗传分化程度较高。(3)11个结构基因座标记构建聚类图表明小尾寒羊和滩羊的关系最近,其次是同羊和湖羊,而巴音布鲁克羊与该群体遗传距离最远。群体间的遗传关系远近与其所处的地理位置远近表现出显著相关。以湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊、乌珠穆沁羊和巴音布鲁克羊11个结构基因座和7个微卫星位点基因频率分布为研究对象,进行比较分析,尝试探讨群体间遗传分化关系。结果表明:微卫星有标记效等位基因数、杂合度、多态信息含量均高于结构基因座获得的相应指标,微卫星标记揭示的群体变异水平较高;由微卫星资料计算的基因分化系数低于结构基因座获得的相应指标。由微卫星位点基因频率资料计算得到的标准遗传距离大于结构基因座基因频率资料计算得到的标准遗传距离。两层次基因频率聚类分析揭示的群体间关系不完全一致,相异之处有待于进一步验证。