16个乳杆菌新种的多相鉴定

来源 :东北农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wuhao19881016
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自然发酵酸菜和自然发酵酸奶是我国传统的发酵食品,酿造和食用历史悠久,其中蕴藏着丰富的乳酸菌资源。本研究中,我们的目的是对东北地区酸菜中分离到的15个乳杆菌潜在新种和西藏地区酸奶中分离到的1个乳杆菌潜在新种进行多相鉴定,确定它们的分类学地位。采用的鉴定方法主要包括16S rRNA基因序列分析、pheS和rpoA基因序列分析、基于全基因组测序的ANI和dDDH分析、API50CH糖发酵实验、细胞壁氨基酸分析、生理生化实验和脂肪酸甲酯分析等。菌株 159-4T、47-3T、73-4T和 247-3T与系统发育相关种Lactobacillusporciane、Lactobacillus manihotivorans、Lactobacillus nasuensis、Lactobacillus camelliae、Lactobacillus pantheris、Lactobacillus thailandensis、Lactobacillus sharpeae和 Lactobacillus songhuajiangensis 的模式菌株形成一个独立分支。其中菌株159-4T和247-3T与模式菌株之间16S rRNA基因序列相似性低于98.7%,确定为新种。菌株47-3T与L.porciane R-42633T(98.9%)的16S rRNA基因序列相似性高于定种临界值98.7%;pheS和rpoA基因序列相似性较低,分别为74.0%和90.3%;ANI值为73.8%,低于定种临界值95%,表明菌株47-3T为新种。菌株73-4T与L.camelliae MCH3-1T(98.9%)的16S rRNA基因序列相似性高于98.7%;pheS和rpoA基因序列相似性较低,分别为85.5%和92.8%;ANI值为84.9%,低于定种临界值95%,表明菌株73-4T为新种。菌株 143-4(a)T 和 33-1T 与系统发育相关种Lactobacillus pantheris、Lactobacillus thailandensis、Lactobacillus songhuajiangensis、Lactobacillus sharpeae、Lactobacillus rhamnosus、Lactobacillu sparacasei、Lactobacillus casei和Lactobacillus zeae的模式菌株形成一个独立分支,其菌株之间16S rRNA基因序列相似性为91.9-96.5%,低于98.7%确定为新种;pheS基因序列相似性为73.9-82.5%;rpoA基因序列相似性为68.9-81.2%。菌株 257-1T和 187-3T与系统发育相关种Lactobacillus coryniformis、Lactobacillus iwatensis、Lactobacillus backii、Lactobacillus rennini和Lactobacillus bifermentans的模式菌株形成一个独立分支。菌株 257-1T 与 187-3T(98.8%)、L.coryniformis DSM 20253T(99.3%)的 16S rRNA基因序列相似性高于 98.7%,但菌株 257-1T 与 187-3T(pheS-77.5%、rpoA-91.7%)、L.coryniforrmis DSM 20253T(pheS-78.7%、rpoA-96.2%)的pheS和 rpoA 基因序列相似性较低;ANI值分别为79.0%和78.8%,低于定种临界值95%,表明菌株257-1T为新种;菌株187-3T与 L.coryniformis DSM 20253T(99.0%)的 16S rRNA 基因序列相似性高于 98.7%;pheS 和rpoA基因序列相似性较低,分别为81.8%和92.1%;ANI值为79.3%,低于定种临界值95%,表明菌株187-3T为新种。菌株 220-4T、151-2BT、M1530-1T、137-3T、244-4T、218-10T、218-6T 和 112-3T 与系统发育相关种 Lactobacillus paucivorans,Lactobacillus brevis,Lactobacillus hammesii,Lactobacillus senmaizukei、Lactobacillus parabrevis、Lactobacillus yonginesis、Lactobacillus koreensis和Lactobacillus cerevisiae的模式菌株形成一个独立分支。其中,菌株220-4T与151-2BT(99.9%)、L.paucivorans TMW 1.1424T(99.9%),菌株 151-2BT与L.paucivorans TMW 1.1424T(99.7%),菌株 M1530-1T 与 L.brevis ATCC 14869T(99.0%)、112-3T(98.7%)和 L.cerevisiae TUM BP 140423000-2250T(98.7%),菌株 137-3T 与 244-4T(99.3%),218-10T(98.7%)和 L.parabrevis LMG 11984T(99.6%),菌株 244-4T 与 218-10T(98.8%)、112-3T(98.9%)、L.cerevsiae TUM BP 140423000-2250T(98.9%),L.hammesii TMW 1.1236T(99.0%),L.koreensis DCY50T(98.7%)和 L.parabrevis LMG 11984T(99.7%),菌株 218-10T与 218-6T(98.7%),112-3T(99.1%),L.cerevisiae TUM BP 140423000-2250T(99.0%),L.koreensis DCY50T(99.1%),L.parabrevis LMG 11984T(98.7%)和 L.yonginesis THK-V8T(98.9%),菌株 218-6T 与 112-3T(98.8%)、L.cerevisiae TUM BP 140423000-2250T(98.8%)和 L.koreensis DCY50T(99.3%),菌株 112-3T 与 L.cerevisiae TUM BP 140423000-2250T(99.9%)、L.koreensis DCY50T(99.5%)、L.parabrevis LMG 11984T(98.8%)和 L.yonginesis THK-V8T(98.7%)的 16S rRNA 基因序列相似性均高于98.7%,但这二十八对菌株的pheS基因序列相似性较低,为79.6-93.9%;ANI值在 75.9-92.7%之间,低于定种临界值 95%,表明菌株 220-4T、151-2BT、M1530-1T、137-3T、244-4T、218-10T、218-6T和112-3T均为新种。菌株 159-4 T 47-3 T 257-1 T 187-3 T 220-4 T 151-2B T 137-3 T 244-4 T 218-10 T 218-6T、112-3T、73-4T、247-3T、143-4(a)T、33-1T和 M1530-1T 的 DNAG+C mo1%分别为 58.3%、50.9%、42.6%、42.7%、49.2%、47.5%、49.8%、48.6%、47.7%、47.4%、50.3%、55.5%、53.0%、58.0%、55.4%和 50.5%。菌株 159-4T、247-3T、143-4(a)T和33-1T 的主要脂肪酸为 C16:0和 C1s:1ω9c。菌株73-4T、257-1T、151-2BT和218-6T的主要脂肪酸为C16:0,C(18:1) ω9c和C19:1ω6c/C19:1cycloωo1Oc。菌株 47-3T、220-4T、M1530-1T、244-4T、218-10T和112-3T 的主要脂肪酸为C16:0,C(18:1)9c,C19:1ω6c/C19:0 cyc1o ω10c 和 C(18:1)ω6c/C1s:1ω7c。菌株 137-3T 的主要脂肪酸为 C16:0,C(18:1) ω9c和C(18:1)ω6c/C(18:1) ω7c。菌株187-3T的主要脂肪酸为C14:0,C16:0,C(18:1) ω9c和C19:1ω6c/C19:0 cyclo ω10c。基于本研究获得的多相鉴定数据,确定了 16个乳酸菌新种,命名为:159-4T(Lactobacillus jixianensis sp.nov.)、47-3T(Lactobacillus baoqingensis sp.nov.)、257-1T(Lactobacillus jiayinensis sp.nov.)、187-3T(Lactobacillus zhaoyuanensis sp.nov.)、220-4T(Lactobacillus lindianensis sp.nov.)、151-2BT(Lactobacillus huananensis sp.nov.)、137-3T(Lactobacillus tangyuanensis sp.nov.)、244-4T(Lactobacillusfuyuanensis sp.nov.)、218-10T(Lactobacillus tongjiangensis sp.nov.)、218-6T(Lactobacillus fujinensis sp.nov.)、112-3T(Lactobacillus mulengensis sp.nov.)、73-4T(Lactobacillus hegangensis sp.nov.)、247-3T(Lactobacillus suibinensis sp.nov.)、143-4(a)T(Lactobacillus daqingensis sp.nov.)、33-1T(Lactobacillus yichunensis sp.nov.)和 M1530-1 T(Lactobacillus angrenensis sp.nov.)。
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