我国开发区经历了20多年的改革、创新与发展，已经成为对外开放的重要窗口与体制改革的试验田，发挥着示范、带头和辐射作用。但是随着入世后要素配置国际化程度的提高，近年国家对开发区政策优势的弱化，集约利用土地要求的提高等的影响，传统开发区的发展模式已经不能适应新形势的要求，开发区必须进行转型与升级。本文通过对南通经济技术开发区（以下简称南通开发区）20多年的发展与建设的研究，结合国内先进开发区发转型与升级成功的经验，运用产业结构优化理论、产业集聚理论、空间结构理论、制度变迁理论来分析指导开发区转型，分析开发区发展存在的问题。在空间拓展方面，南通开发区内部土地利用效率低，外部扩展水平及空间融合程度低；在分析产业发展中运用计量模型，通过计算矢量夹角的方法，得出南通开发区的产业转型不成功，开发区的三次产业转型与经济增长率之间无明显的关系，它的经济增长主要依靠社会固定投资；在功能转换方面，南通开发区转换滞后，功能不完善；在管理制度方面，南通开发区的机构重叠、决策体制单一并且缺乏监督机制。通过前述分析，可得南通开发区亟待转型，具体转型建议包括：改进以传统制造业和传统服务业占主导的局面，大力发展高新技术产业和现代服务业；发挥自身的优势，培育以科技自主研发、创新为核心的产业集聚区；加快开发区功能的转型，向多功能综合产业区转型；继续成为体制改革、转变职能的试验和示范窗口。