随着农村经济迅速发展,农业产业结构开始逐步调整。农民专业合作经济组织的快速兴起,对农民降低市场风险、维护自身权益起到了重要作用。但是,目前我国农民专业合作经济组织普遍存在规模小、覆盖面窄、稳定性差、对农民的带动力弱等不足。我国农民专业合作经济组织发展的实践表明,专业合作组织普遍存在产权不清、资金不足、缺乏有效的激励和约束机制等缺陷,即专业合作组织治理的不完善是一个普遍存在的问题,这严重阻碍了合作组织的顺利发展,降低了市场竞争力。只有建立起符合合作组织的治理机制才能充分的调动广大成员的积极性,增强合作组织的市场竞争力。目前国内对合作经济组织的研究异常丰富,但更多的聚焦在合作经济实践方面,而对合作经济组织内部治理研究相对较少。像任何其他组织一样,合作经济组织只有不断创新,才能拓展自己的生存空间,提升自身活力。合作组织的内部治理对于合作组织来说具有重要意义,影响着合作组织的生命力。因此,本文选择合作组织的内部治理作为研究对象,在前人研究成果的基础上,运用产权、交易费用、委托代理等理论对农民专业合作经济组织的内部治理进行研究。本文分为五章。第一章导论。主要介绍研究背景、目的和意义、国内外研究现状以及重点难点等问题；第二章农民专业合作经济组织治理的概述。主要介绍合作组织的概念、发展以及治理的理论基础；第三章农民专业合作经济组织的内部治理结构。主要阐述合作组织治理的基础与治理结构：第四章我国农民专业合作经济组织内部治理中存在的问题及原因。主要是由于法律规定不完善、农民异质性等原因导致存在组织机构和治理机制不完善等问题；第五章我国农民专业合作经济组织内部治理的完善。主要是针对我国合作组织存在的问题提出合理有效的措施。