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随着环境污染的日益严重,绿色、环保的生物防治是未来发展的趋势和迫切需求。许多植物根际促生菌(PGPR)能够通过内皮屏障和根皮层到达维管组织,随后在植物各器官中以内生菌形式稳定存在。本研究以药用植物组织内部这一特殊的微生物栖息地出发分离、筛选和鉴定多功能生防菌株,通过对其促生防病效果、定殖能力和基因表达研究揭示促生、抑菌及植物微生物互作的机制。本项研究对内生菌抑菌谱、产酶活性、产吲哚乙酸(IAA)和铁载体能力、聚酮合成酶相关基因簇进行检测；筛选得到多功能生防菌株进行促生和生防实验；绿色荧光蛋白标记生防链霉菌SSD49观察其在毛白杨组培苗中的定殖：对未接菌和接种内生菌SSD49的毛白杨组培苗进行转录组测序,分析基因的表达差异。实验结果表明,从412株内生菌中筛选得到94株拮抗菌株；广谱抑菌活性检测有47株菌对至少3种以上指示菌有抑菌效果；23株菌有较好的几丁质酶活性,未筛选到产葡聚糖酶的菌株；55株菌含有聚酮合成酶编码基因,32株菌含有多烯类化合物的聚酮合成酶编码基因；2株菌有产铁载体的能力,34株菌可以产生IAA,其中SSD49的IAA产量最高,达到3156μg/ml。根据上述抑菌、促生特征,选择5株多功能生防菌株进行促生和生防实验,链霉菌SSD49 和 SSD60对大豆和番茄的促生作用最为显著,链霉菌SSD41和SSD49对核盘菌和杨树溃疡病菌防治效果显著。链霉菌SSD49标记绿色荧光蛋白后,能够定殖在毛白杨的茎和叶中。构建了未接菌(CK)和接种内生链霉菌SSD49(IN)的2个毛白杨RNA文库,共获得69,652条Final Unigene。所有注释到数据库中的基因进行Gene Ontology功能分类,有19,618个基因获得注释结果：25,995个独立基因注释上KEGG数据库,参与了284个通路。256条unigenes在实验组(IN)和对照组(CK)之间差异表达,其中141条unigenes上调表达,115条unigenes下调表达。对14个差异基因进行qRT-PCR验证与RPKM分析的差异基因表达情况基本一致。本研究通过多角度的筛选获得了多功能生防内生链霉菌SSD49,为利用该菌防治杨树溃疡病和开发高效生防菌剂提供了理论基础。