课程设置在课程与教学论硕士生培养过程中起着重要的作用。通过对十所高校课程与教学论专业培养方案和课程设置的分析以及对两所高校十位硕士生导师的访谈发现，该专业课程体系相对较成熟，但仍存在一些问题：必修课程与选修课程比例不平衡；公共课程与专业课程比例失衡；重公共外语，轻专业外语；跨学科和跨专业课程不足；理论课程偏多实践课程偏少；课程内容陈旧，缺乏新知识；课程内容衔接不畅，有明显的“本科化”特征。分析产生上述问题的原因，主要有两点：一是课程设置没有完全突破传统培养模式的藩篱；二是课程设置主体权力过于集中。立足上述七大问题，我们认为课程与教学论专业课程设置应在课程结构和课程内容上做出调整，如合理增设选修课程；适当削减公共课程，重视专业外语课程；着力增加跨学科课程；强化实践性课程；更新课程内容，使其保持先进性等。