人类基因密码的破译和图谱绘制的完成,极大地鼓舞了科学家对生老病死的规律、生命起源与进化的过程、生物个体间高矮胖瘦差异性的成因等谜题的研究热情。以此为基础,为了更全面的理解和掌握生命现象的本质和规律,作为生命活动和生物过程的直接影响者,蛋白质组学顺理成章的进入科学家们的视野,并在近几年逐渐成为生命科学科研工作者的研究热点和重点。而作为蛋白质组学最关键的支撑技术的生物质谱技术的飞跃式发展更是为蛋白质组学提供了强有力的技术支持。大规模蛋白质组学的研究也因此拉开帷幕。生物质谱技术与数据库搜索方法的联合促成了高通量大规模的蛋白质质谱数据的累积。数据库搜索策略虽然极大的提高了生物质谱技术鉴定蛋白质的效率,但是由于质谱实验生物样本的差异巨大、质谱仪器的类别繁多且性能差异显著、现有数据库搜索算法的不足以及不同实验的操作过程不同等等因素造成了生物质谱技术鉴定的蛋白质质量存在问题,我们的目的是在鉴定到尽可能多的蛋白质的情况下保证鉴定结果的准确性,也就是提高召回率的同时尽可能减少假阳性。因此生物质谱技术鉴定蛋白质的质量控制方法研究成为一个关键问题。本文研究的重点在于不同来源的大规模蛋白质质谱数据鉴定蛋白质的质量控制方法的研究。解决多个不同来源实验数据进行蛋白质质谱鉴定的情况下假阳性蛋白质过多鉴定的问题。使用来自proteomexchange数据库的四组不同仪器产生的酿酒酵母的蛋白质质谱实验数据,总共113个RAW文件,进行引入实验间权重作为特征的质量控制方法鉴定蛋白质,再分别与传统的过滤谱图的质控方法和根据蛋白打分过滤蛋白的质控方法鉴定蛋白质做比较。结果显示,蛋白质打分的方法明显优于传统方法,而本文引入新特征的方法进一步改善了蛋白质鉴定的质量控制结果。