明代万历年间的“国本之争”，即关于太子的储位之争，从万历十四年一直持续到万历四十二年，期间朝中大臣根据中国古代历朝嫡长子继承制的原则及明代多以长子继位的事实，支持立长子朱常洛为太子，而神宗因宠爱郑贵妃，欲立郑贵妃的儿子福王为太子，为此朝中大臣以及李太后与神宗进行了长期的斗争，从而导致了一场轰轰烈烈的争论。期间神宗的态度由明确反对立长子常洛为太子到采取拖延政策，再到被迫承认常洛的太子地位，神宗与大臣们进行了反复的争论，而大臣们不惜被罢官、解职、发配仍坚持己见，最后以长子常洛的继位而终结此事。“国本之争”对万历政局产生了深远的影响，首先是造成皇权事实上的下降。神宗不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员的缺官现象视而不见，给晚明政治的正常运行造成极大的破坏，而他又大兴敛财之道，派用的矿监、税监为害百姓，以致激起民变。其次，“国本之争”是使得明末形成了党争的重要原因之一。万历对于储位的模糊态度，使得官场乃至地方的人，妄加揣测，政局混乱，出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗，之后东林党又与阉党斗争的局面，为一己之私不惜牺牲国家大义，使得晚明的政局混乱不堪，更是成为明末三大案的诱因，这种局面自然使得政府的行政效率下降。再次，神宗希望大权独揽，而又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；神宗近三十年长居深宫不理朝政，司礼监因拥有“批红”的权利，在这种特殊的情况下地位自然会有所上升；因神宗对郑贵妃的宠爱，此时外戚的实力也得到了发展，而且出现内监以郑贵妃为内主的现象；皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，政府机构涣散，此时言官因对朝政的不满争相上疏，抨击时政，实力也得到提高；而地方上仕途不再是衡量人生价值的唯一标准，出现了“山人”群体，之后又有了东林书院，文人关注时政，最后有东林党之称，万历末年的民变，乃至最后后金的兴起，又代表了地方势力的崛起。“国本之争”，决定了万历以后明朝政治的走向，成为晚明三大案的诱因，在一定程度上加剧了党争的形成，甚至加速了明朝的灭亡，是晚明最具影响的政治事件之一。