自1981年高等教育自学考试制度诞生及1999年政府提出高等教育扩招政策以来,中国的民办高等教育己如雨后春笋般发展起来。民办高校的产生与发展打破了自1952年以来单纯由公办高校一统天下的局面,为中国高等教育事业的发展注入了新的活力。当然,民办高等教育在快速发展的同时,教育管理面临着许多新的问题,问题之一便是政府对民办高等教育管理未到位,其管理机制不够完善。我国台湾地区私立高等教育发展到现今已多达60年历史,私立院校发展体系较为全面、成熟,已成为台湾高等教育普及化的主导。台湾与大陆具有相同的文化根源及教育传统,台湾私立高等教育与大陆民办高等教育的管理发展具有较多的相似性和相通性,所以,研究台湾私立高等教育的管理经验可供大陆学习、借鉴。比较台湾地区政府与中央政府对私立(民办)高等教育的管理,发现两者之间存在相似与差异。台湾(私立)与大陆(民办)高等教育出现的时间大致相同,但海峡两岸因实行不同的政治经济制度,政府对私立(民办)高等教育的理解、态度及具体管理政策存在较大差异；台湾地区与大陆都制定相关教育法律法规以保障私立(民办)高等教育发展,但在法律法规的立法权限、操作性及实施效用方面差异较大；两岸都通过财政资助与税收管理支持私立(民办)高等教育发展,但就资助历史、资助力度、资助制度化及税收优惠政策的务实性等方面,台湾取得的成效与经验值得大陆深思、借鉴。由于大陆民办高等教育管理发展存在自身独特性,切忌盲目照搬台湾的经验,政府的相关管理政策应符合大陆的实际情况。针对当前大陆民办高等教育管理面临的困境与台湾地区私立高等教育发展可供参照的相关管理经验,大陆民办高等教育管理机制的完善应充分利用政府公共管理职能,不断改革创新政府新管理模式,以促进大陆民办高等教育健康持续发展。