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本研究采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼三、四核苷酸阳性克隆1 378个,测序705个,共得到846个微卫星座位,其中完美型632个(占74.7%),非完美型114个(占13.48%),混合型100个(占11.82%)。根据微卫星侧翼序列设计并合成100对微卫星引物,检测结果显示35对(35%)引物在邗江野生群体中表现出多态性。选择其中20对多态性稳定的引物进行遗传多样性分析,结果显示,20个位点共检测到212个等位基因,平均观察杂合度(Ho)为0.6811,平均期望杂合度(He)为0.7975,平均多态信息含量为0.7777。利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测,使用JoinMap 4.0软件构建镜鲤的遗传连锁图谱。其中507个标记(微卫星标记186个,SNPs标记321个)共组成62个连锁群,其余46个标记未能定位到连锁群上。图谱总长度为2805.85 cM,标记间平均距离为6.31 cM。构建的连锁群中最大的为第11连锁群,由19个标记组成,图距为119.5 cM,标记间平均距离为6.64 cM;最小的为第21、52、53、61、62五个连锁群,图距仅为1.5 cM。利用软件MapQTL 4.0采用区间作图法对体重、眼径、眼间距三种性状进行QTL定位分析。结果显示:⑴共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BW-5-1有最大的LOD值,为4.46;BW-1-1的LOD值最小,为2.25。单个QTL平均解释表型变异介于14.10%～45.50%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有9个;⑵共检测到10个与眼径性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中EL-37-2有最大的LOD值,为2.88;EL-11-1的LOD值最小,为2.22。单个QTL平均解释表型变异介于15.83%～34.93%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有4个;⑶共检测到10个与眼间距性状有关的QTLs,分布于8个连锁群。其中WBL-1-2有最大的LOD值,为3.66;WBL-35-1的LOD值最小,为2.16。单个QTL平均解释表型变异介于13.50%~26.60%之间,其中贡献率大于20%的主效QTLs有4个。利用已有的生物信息学工具,将与体重相关的SNPs标记与斑马鱼蛋白质序列数据库进行同源搜索分析,取期望值≤1e-05的基因注释,结果发现:SNP1480、SNP1103、SNP1067、SNP0919标记分别与斑马鱼的ACADM protein、Pancreatic amylase alpha 2、Apoeb protein、Gapdh protein相匹配。ACADM protein为特异性中链(C4-C12)酰基辅酶A脱氢酶蛋白,催化线粒体脂肪酸β氧化途径第一步。Alpha 2 pancreatic amylase为α-2胰淀粉酶,水解低聚糖和多聚糖中的α-1,4-糖苷键,是生物体细胞内糖代谢过程的重要酶。Apoeb protein参与脂质运输和脂蛋白的代谢。Gapdh protein为甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白,参与糖酵解反应。本研究构建了一相对饱和的连锁图谱,并对鲤体重、眼径、眼间距QTLs进行检测,旨在为鲤鱼分子标记辅助育种提供理论基础。