自组装谷氨酸螺旋纳米管的分子模拟

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计算机分子模拟研究可以从原子水平的分子模型来模拟分子的结构、行为,进而预测体系的各种物理、化学性质,因而可以对物质材料给出在原子分子水平上的微观图像,为系统地研究和开发新型材料提供更多的理论依据。其重要性己得到了广泛的认识。本文用Cerius2 软件在sgi3800 工作站上对自组装二十烷二羰基二-L-谷氨酸球形螺旋纳米管的结构进行了研究,主要内容包括: 对球形螺旋纳米管的结构及二十烷二羰基二-L-谷氨酸分子(EDGA)的特点进行分析研究,根据EDGA 分子在纳米管壁中的受力情况,以一个EDGA 分子为结构单元,确定了相当于二维周期边界条件的三维周期边界模型和EDGA 单层膜聚集体模型。由分子动力学构象搜索法寻找到能量最低的分子构象。并以能量最低构象的EDGA 分子搭建出不同尺寸大小的单分子膜聚集体,运用分子力学、分子动力学交替进行的退火算法对EDGA 单层膜聚集体进行模拟,得到不同生长情况下EDGA 单层膜聚集体的聚集状态,并最终得到了弯曲与扭转两种趋势同时存在的单层膜聚集体,其结构可以合理地解释自组装二十烷二羰基二-L-谷氨酸球形螺旋纳米管的螺旋和管壁突起结构。
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