水稻杂种优势利用是提高粮食产量的有效途径，但是目前育成的新组合的产量水平处于徘徊状态。分子标记辅助育种可以更有效地利用资源的遗传多样性，在分子水平上更精确地进行选择，从而培育出更高产的杂交水稻品种。本研究通过对杂交稻亲本进行分子标记，试图找出杂种优势与亲本遗传差异的相关性，为水稻杂种优势的分子标记选择提供有效的参考。 本研究采用12个水稻亲本(其中3个母本和9个父本)按NCⅡ设计配组27个杂种，以特优63为对照，研究与产量密切相关的农艺经济性状，对这些性状的杂种表现及竞争优势进行偏相关分析，找出对产量影响较大的因子，对这些因子进行通径分析，判断出这些因子对产量的贡献程度。并以12个亲本为DNA样品来源，通过RAPD和SSR两种标记技术对亲本间的遗传差异进行标记。最后将杂种优势中对产量影响最大的因子分别与RAPD及SSR标记的亲本间遗传距离进行偏相关分析。本实验所得结果如下：在影响杂交水稻产量的主要因素中，每穗实粒数的影响最大，有效穗数次之，千粒重和穗长影响较小；每穗实粒数与RAPD标记的亲本间遗传距离相关性不显著，而与SSR标记的亲本间遗传距离相关性达到极显著水平，与RAPD-SSR标记的亲本间遗传距离相关性亦达到极显著水平。竞争优势与亲本的遗传距离关系分析表明，增产杂交组合的亲本SSR标记遗传距离在0.50-0.83之间，RAPD-SSR标记遗传距离在0.59-0.81之间。本实验结果表明：在水稻杂种优势的分子标记选择方面，SSR标记技术优于RAPD技术，而将两种技术结合起来分析效果更好。研究结果为分子标记辅助选择杂交水稻亲本提供了依据。