进入二十一世纪以来,新一代测序技术的出现使得到全基因组的拼接组装算法备受关注。以Roche公司454,Illumina公司Solexa,ABI公司SOLiD为代表的新一代测序技术产生的数据存在测序片段短、错误率高等缺点,使得传统的拼接组装软件不再适用。但是由于其高通量、低成本的优点,尤其在细菌等微生物从头测序中取得的成功极大的鼓舞了人们对新一代测序技术的研究热情。全基因组组装算法研究是全基因组拼接组装算法的一个重要环节,研究并开发可运行在个人计算机上的独立的组装算法是非常有必要的。面向新一代测序数据的全基因组拼接组装算法分为两个重要的部分,第一个部分是将新一代测序技术产生的DNA片段拼接成contig的过程,称之为拼接阶段。第二个部分是将拼接阶段产生的contigs组装成scaffold的过程,称之为组装阶段。本文所要研究的就是全基因组的从头测序组装阶段的算法,为达到这个目标,本文在研究新一代测序技术原理的基础上,提出了快速筛选配对信息的算法与contig组装算法。通过配对信息库的构造过程,得到了所有contig上面所存在的配对信息,设计了两个映射结构获得任意两条contig之间的关联关系,提出了独特的数据结构来保存任意两条contig之间的配对信息数目,最终完成了从头测序组装算法的设计与实现。提出了快速筛选有效配对信息的算法以及contig组装算法,该算法是可运行在个人计算机上的串行算法。设计了节省内存的数据结构,提高了算法的速度。充分利用了测序数据的生物学特征,在不考虑contig之间有重叠的情况下成功组装了72%的contig。