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连香树属(Cercidiphyllum Sieb. et Zucc.)隶属于连香树科(Cercidiphyllaceae Engler),为东亚孑遗被子植物,在上白垩纪和第三纪曾经广泛分布于北半球,在第四纪冰川期后分布区急剧缩小(Tanai,1992; Wolfe,1997; Manchester,1999)。连香树属具2种,连香树(C. japonicum)分布于中国和日本；大叶连香树(C. magnificum)分布于日本北部。对连香树属的亲缘地理学研究,有助于了解连香树这一古老植物自第四纪冰期以来的进化历史,也有助于解释中国-日本间断分布模式形成的原因。本研究采用cpDNA的4个非编码区片段对连香树属的亲缘地理学进行了研究,主要的研究结果如下：从25个叶绿体片段中筛选出4个适合连香树属分析的片段,对49个群体247个个体进行了序列分析。结果显示cpDNA petA-psbJ、psbE-petL、rpL32-trnL、F71-R1516基因间隔区具有18个变异位点,呈现12个单倍型。连香树物种水平的核苷酸多态性(Pi)为1.05×10-3,单倍型多态性(h)为0.784；大叶连香树物种水平的核苷酸多态性(Pi)为0.15×10-3,单倍型多态性(h)为0.5,两个种总的遗传多样性水平较低。AMOVA分析结果显示连香树和大叶连香树遗传变异主要存在于群体间,群体间遗传分化(FsT)分别为93.76%和56.62%,且连香树中89.08%的遗传变异存在于NJ(日本北部)、SJC(日本南部和中国南部)、NC(中国北部)三个地理区域之间。cpDNA单倍型多样性、地理分布、以及网状支系分析(Nested Clade Analysis)表明,连香树属的第四纪冰期避难所在中国中西部地区(峨眉山、中部的壶瓶山及后河周边地区)。单倍型系统发育与BEAST分析表明,连香树在大约在2.484个百万年前(myr)分化为SJC-NC(日本南部-中国)支系和NJ(日本北部)支系,两个支系分化后各自独立进化。SJC-NC支系在0.08myr经历了群体扩张事件,随后的群体片段化以及遗传漂变导致了目前的地理和遗传分布格局。NJ支系冰川期退缩至本州中部的“避难所”,冰期后向北迁移形成当前的分布格局。