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罗非鱼原产于非洲及中东地区,是世界上重要的水产养殖品种之一,繁殖能力和适应性强。它能在海水和淡水中存活,是一种典型的广盐性鱼。目前,罗非鱼主要以淡水养殖为主,而我国的淡水资源有限,海水资源非常丰富,因此,提高罗非鱼的耐盐性以适应海水养殖显得尤为重要。罗非鱼养殖品种多,不同品种的罗非鱼生长速度和耐盐性相差较大。本研究主要选择生长速度快的吉富罗非鱼和星洲红罗非鱼为实验材料,首先对其耐盐区间进行QTL定位;其次,利用微卫星分子标记对该QTL区间进行验证;最后,对该区间中耐盐性相关候选基因进行筛选和鉴定。本研究的主要结果如下:1.吉富罗非鱼耐盐QTL分析和分子标记验证。首先根据QTL-seq测序的结果,将吉富罗非鱼耐盐性QTL定位于chrLG4:22670000-28455000及chrLG18:15550000-25125000区间内。为了验证该QTL定位的准确性,随后在LG4号染色体和LG18号染色体上各开发5个微卫星分子标记对该QTL区间进行验证,结果显示LG4和LG18这两个QTL区间都与耐盐性显著相关。2.星洲红罗非鱼耐盐QTL分析和分子标记验证。利用QTL-seq的方法对一个星洲红罗非鱼家系214个极端性状个体进行测序分析,结果发现星洲红罗非鱼耐盐性QTL主要定位于chrLG18:14845000-2531500区间内。为了验证该QTL定位的准确性,随后开发了多个微卫星分子标记对该QTL区间进行验证。结果显示:其中6个微卫星分子标记与耐盐性显著相关,从而进一步验证了该QTL的可靠性。为了进一步确认吉富罗非鱼与星洲红罗非鱼耐盐性QTL区间的关系,我们将吉富罗非鱼LG18号染色体上筛选的5个与耐盐性显著相关的微卫星分子标记对星洲红罗非鱼家系进行验证。结果显示,标记SSR452与两种罗非鱼的耐盐性都显著相关,从而进一步验证了该耐盐性QTL区间的可靠性。3.吉富罗非鱼耐盐候选基因的筛选和鉴定。为了鉴定吉富罗非鱼LG18号染色体上耐盐性QTL区间内的候选基因,用qRT-PCR方法检测了在0 ppt、10 ppt、15 ppt和20 ppt不同盐度下,该区间内和邻近区域23个候选基因的表达情况,结果显示:12个基因(例如LACTB2、KINH、NCOA2、DIP2C、LARP4B、PEX5R和KCNJ9)存在差异表达。对其中两个基因(EPC1及POLD3)进行结构和功能分析,显示这两个基因外显子上的SNPs与耐盐性呈现显著相关。通过高通量测序技术,我们鉴定了吉富罗非鱼和星洲红罗非鱼耐盐性显著相关的QTL区间,获得了与性状紧密连锁的分子标记,筛选和鉴定了耐盐性显著相关的候选功能基因。本研究获得的结果为进一步利用分子标记辅助育种技术培育耐盐罗非鱼新品种提供了标记和基因资源。