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河流是陆地淡水生态系统的重要组成部分，是人类文明的发源地。人类不合理和无节制的开发利用，导致河流生态系统受到了严重的干扰和破坏，生态服务功能退化，严重影响了人们的日常生产生活，引起了政府和社会的高度关注。因此开展河流生态系统的健康评价和研究，提出相应的科学依据和生态恢复措施，是水环境管理的必然要求。辽河流域面积广阔，污染严重，是我国重点治理的河流之一。本文在辽宁省辽河流域水生态功能三级分区的基础上，对河流生态系统的健康理论和评价方法进行了研究。（1）对辽宁省辽河流域水生态功能三级分区的分区理论、方法和结果进行了深入的阐释与分析，根据流域空间的分布特征，通过遥感（RS）和地理信息系统（GIS）在辽河流域水生态功能一二级分区的基础上把辽宁省辽河流域划分为90个水生态功能三级分区。（2）根据2009年—2012年的水生态调研与监测数据以及查阅文献和相关资料，构建了涵盖河流物理、化学、生物各个方面的健康评价指标体系。采用了统计分析的主成分分析与相关性分析法对评价指标进行了优化，据此构建了由总磷（TP）、总氮（TN）、化学需氧量（CODcr）、5日生化需氧量（BOD5）、溶解氧（DO）、生境指数、水文指数、藻类香浓多样性指数（DAA）、底栖动物完整性指数（B-IBI）共9个指标，构成了河流健康综合评价指标体系。（3）以综合健康指数法作为评价方法,将河流健康划分为“健康”、“亚健康”“一般”“较差”和“极差”5个等级，评判多指标下的河流健康等级状况。结果表明，辽宁省辽河流域共90个水生态功能三级分区中有8个达到了“健康”等级。39个达到“良好”的健康等级，31个达到“一般”的健康等级，5个得到“较差”的健康等级，7个得到“极差”健康等级。河流总体的健康状态从源头上游至下游逐渐恶化，主要因为沿河乡镇、村庄密集，受人类工农业生产、生活排污等活动影响严重。（4）分析了DO、CODcr、BOD5、TP、TN、EC和SS7项水质指标与研究区域河流健康之间的关系，结果显示辽宁省辽河流域大部分水体中的有机物和营养物质含量较高