当前,我国农民专业合作社还处在发展的初级阶段,其内部治理能力和水平与西方发达国家相比还存在明显差距,特别是治理结构方面还存在许多突出问题,如治理结构松散、运行机制不畅、服务能力较弱、管理者及社员素质不高等。本文以企业治理理论为基础,以娄底市为例,对农民专业合作社的治理结构问题进行研究。从娄底市五个县市区随机抽取15家农民专业合作社,通过实地和问卷调查,分析了娄底市农民专业合作社治理结构的现状、存在的突出问题及问题产生的原因。构建评价指标体系,并运用组合赋值法对指标进行赋权,选择三家具有代表性的合作社,对娄底市农民专业合作社治理结构进行了综合评价,并进行对比分析。提出了完善和优化娄底市农民专业合作社治理结构的对策与建议。娄底市农民专业合作社治理结构存在内部人控现象严重、理事会管理混乱、过于依赖监事会和经理层个人能力等问题,问题产生的原因包括合作社治理结构理论不成熟、社员素质参差不齐、理事会内部人控制严重、监事会作用未有效发挥、内部人员素质不高、政府引导不力等方面。应从六个方面对娄底市农民专业合作社治理结构进行优化：加强内部管理,规范规章制度,加强政府扶持,强化行业协会作用,重视教育培训。