我国刑事诉讼中的“另案处理”,是在一些共同犯罪案件中对已经到案的犯罪嫌疑人进行侦查、起诉或审判,而对因在逃等情形没有到案的犯罪嫌疑人,把他们从共同犯罪案件中“分离出去”,另立案件,进行侦查、起诉或审判。“另案处理”最早出现在最高人民检察院、最高人民法院、公安部在1984年出台的《关于怎样认定和处理流氓集团的意见》中,该意见第五点规定“除对已逃跑的流氓集团成员可以另案处理外,都应当一案处理,不要把案件拆散,分开处理。”在1999年以后,“另案处理”在实务中逐步推广开。“另案处理”的初衷值得肯定,其积极意义十分明显,因此,尽管它在理论上和实践中存在大量问题,但司法机关不仅仍然坚持使用,没有任何完全弃之不用的倾向,而且还在继续巩固、改革和完善它。本文基于“另案处理”既有的研究文献和成果,并结合《关于规范刑事案件“另案处理”适用的指导意见》的各项规定,在一定范围内对刑事司法实务中的“另案处理”进行了调研,访谈了一线办案人员,向他们收集了“另案处理”的典型案例,较为深入地了解和分析了他们在办理“另案处理”案件过程中遇到的各种问题,从而对刑事案件中的“另案处理”问题有了更加系统的认识。本文把“另案处理”在运行中存在的问题归纳为十个方面,包括“另案处理”的法律规范不健全、适用“另案处理”的办案主体及其裁量权存在争议、“另案处理”适用范围泛化、案卷材料移送不全和标注不统一、侦查部门对被“另案处理”人员的侦查不到位、“另案处理”案件中存在实体处理不当,以及“另案处理”案件依法公开不到位和量刑不匀衡、利害关系人的异议和救济程序缺失、对“另案处理”案件的监督机制不完善等。本文认为最高检和公安部对“另案处理”的界定(定义)比较科学,但实务中应当注意“另案处理”与“分案处理”的区分。“另案处理”问题产生的主要原因有:“另案处理”法律规范的不健全,“另案处理”司法实践的“活跃”程度与法律规定层面的“沉默”现状极为不符;司法机关考核制度存在弊端,不合理的考核机制不但不会提高司法机关的工作效率,反而会滋生出人为分案的弊端;“另案处理”监督机制的不完善,权力在运行中没有完善的监督机制很容易被滥用。针对上述问题,本文提出的主要策略有:完善“另案处理”的法律规范,在完善“另案处理”法律规范的同时对制度进行创新;完善侦查机关的内部考核机制,考核不仅要从多角度进行还要落实到对个人利益的影响之上;健全“另案处理”的监督机制,理清具体的监督范围、畅通监督渠道、建立全程动态监督机制、赋予检察机关质询权和纠正权;增强司法透明度,做到信息公开和强化外部监督。