随着核桃属植物大规模商业化生产和开发以及相关种的品种选育、鉴定及种质资源的收集和保护工作的深入研究，形态描述、地理来源以及同工酶等方法由于自身的局限已难以满足核桃属植物的研究、利用和商业开发的需要，分子标记技术为上述工作的深入开展提供了新的工具。　　 微卫星分子标记，又称简单重复序列标记(SSR)，有着高的多态性和同源性以及共显性遗传的特点，广泛应用于木本植物研究。最近黑核桃与山核桃的微卫星标记已被开发和利用。微卫星标记在近缘种属间具有同源性是我们运用黑核桃微卫星引物分析核桃属近缘种的理论依据。　　 为对核桃品种资源的遗传多样性进行分析，应用14对扩增条带清晰、多态性高的黑核桃SSR引物对40个核桃品种(系)进行了扩增，共检测出66个等位基因，每个位点扩增等位基因2～7个，平均4.7个。14个SSR位点的PIC值在0.3154～0.8092之间，平均为0.5794。40个核桃品种(系)在14个SSR位点上有杂合位点1～10个，样品的杂合度在0.08～0.71之间，平均0.35。采用UPGMA方法进行聚类分析，美国品种Cisco、强特勒、希尔、日地和日本清香聚为第1组，其它35个国内核桃品种(系)聚为第II组，表明我国分布的核桃与美国和日本分布的核桃亲缘关系较远。35个国内核桃品种(系)可以分为3个类群。其中新疆核桃在3个类群中都有分布，表现出丰富的遗传多样性；陕西早实核桃与新疆核桃聚在一起，陕西晚实核桃与北京核桃聚在一起，表明秦巴山地核桃可能分属于新疆和华北2个地理生态型。　　 核桃种内各品种间较小的相似性和较大的遗传距离都表明我国是核桃的源产地之一，且在我国境内多地起源。