【摘 要】
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背景:甲状腺癌是头颈部和内分泌系统最常见的恶性肿瘤。近年来,全世界范围内甲状腺癌发病率显著增长。探索甲状腺癌预后相关基因对于预估甲状腺癌患者的病情转归以及药物作用靶点的筛选具有重要意义。肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）是现阶段癌症研究领域最重要的开放获取数据库之一。加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Networ
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背景:甲状腺癌是头颈部和内分泌系统最常见的恶性肿瘤。近年来,全世界范围内甲状腺癌发病率显著增长。探索甲状腺癌预后相关基因对于预估甲状腺癌患者的病情转归以及药物作用靶点的筛选具有重要意义。肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）是现阶段癌症研究领域最重要的开放获取数据库之一。加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）是一种基于软阈值对基因进行共表达分析的一种方法,广泛应用于共表达基因网络的筛选。目前,基于TCGA的甲状腺癌预后相关基因WGCNA分析及其功能网络构建鲜有报道。目的:探索甲状腺癌预后相关基因及其调控网络。方法:利用加权基因共表达网络分析,对TCGA数据库510例甲状腺癌患者RNA-seq数据进行模块聚类并分析其与临床病理特征的相关性。采用R包clusterprofiler软件对候选模块进行GO功能注释及KEGG富集通路分析。利用Log-rank检验及Kaplan-Meier生存曲线分析聚类基因与甲状腺癌预后的相关性。利用STRING数据库对预后相关基因进行PPI蛋白相互作用分析并确定枢纽基因。利用49例甲状腺癌及癌旁组织进行实时荧光定量PCR检测以验证甲状腺癌预后相关基因的差异表达。结果:以软阈值β值8为界聚类16个模块,其中2个模块与甲状腺癌临床病理参数密切相关,其内聚集的的基因主要与甲状腺激素水平的调节、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸代谢通路、细胞粘附分子结合、酶抑制剂活性的调节、PI3K-Akt信号通路以及Wnt-蛋白结合及其信号传导途径的负调节等有关。SYNDIG 1,Nxf 1,PDLIM 3,MFAP3L,FIBIN,GAS 1,TMEM45A和SUGCT与甲状腺癌预后密切相关。WNT11和ANK 2为甲状腺癌预后相关基因共表达网络枢纽基因。Real-time PCR验证结果显示SYNDIG 1,NXF1,PDLIM 3,FIBIN,GAS1,SUGCT,TMEM45A在甲状腺癌组织中差异表达（P＜0.05）。结论:本研究通过WGCNA分析及验证,鉴定出一组表达模式相似且与甲状腺癌预后密切相关的基因,其共表达网络枢纽基因为WNT 11和ANK 2。激素水平的调节以及细胞粘附分子结合的调节是甲状腺癌预后相关基因发挥作用的重要通路。
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