我国特定领域科研投资模式由于计划经济运行过程的作用，始终没能成立科学的竞争机制，成立有关于特定领域的科研项目，由特定部门通过行政以及计划的方式在特定单位的内部开展实施，采用这一方式需要花费较高的运行成本，而且效率不高。我国特定领域科研单位需要对其内部科研项目的进行全方位、涉及整个过程的成本控制，保证管理效力，实现信息的有效传递，保证特定领域的科研实现成本效益的最大化。
　　通过对特定领域科研单位的市场现状，分析其现阶段面临的问题，包括科研经费拨付严重滞后于科研项目研制进度、人工成本不断增长等，这些因素可能对科研项目成本管理产生影响。目前，我国特定领域科研单位在科研项目成本管理方面，缺乏成本控制意识，实际工作中的成本控制方法少有成效，科研项目在进行成本预算时仅注重形式，并没有将预算作为目标成本从而进行有效地管理。
　　通过以QY公司为特定领域典型科研单位为例，明确其现行的科研项目管理流程、科研成本核算内容，通过对其开展的科研成本核算方式进行说明，研究QY公司在管理科研成本方面存在的不足，提出基于预算的全过程科研成本管理方法，以期达到对特定领域科研单位的科研成本进行有效控制。