2008年科技部首次规范化出台高新技术认定标准,通过税收优惠激励企业创新,截止目前,获得认定资质的企业已由期初的5万余家增长到近30万家,高新技术企业已成为我国创新发展的中坚力量,政策在总量方面成效瞩目。但着眼于微观个体表现,同为高新技术企业,研发投入高低不一,创新质量良莠不齐,不少策略性创新企业混杂高新技术企业队列。企业创新不仅受到政府“看得见的手”的调控,也受到市场“看不见的手”的影响,政策对企业的激励效应强度需要综合政企双方特征考虑,政策效果不能一概而论。因此,在政策总体效果得到肯定的基础上,有必要对政策的微观效果精准评价,深入探究政策更有效的改进方向。文章摒弃了对政策总量效果的重复性探讨,着眼于创新投入的个体异质性视角,分析政策在不同情形下的效果差异。通过聚焦于获得高新技术认定的企业,控制政策非随机性带来的选择偏差,采用PSM的方法控制个体差异,计算先认定企业与后认定企业同一时期的研发创新增量。在上述研究基础上利用logit模型检验政策的设计、施策对象、执行环境等政策特征对企业创新的影响,并基于企业视角剖析上述异质性生成机制。研究表明:（1）高新技术认定企业的创新增量参差不齐。PSM的匹配结果显示,并非所有企业在获得高新技术认定后,研发投入都会呈现出增加的效果,部分企业的研发投入增量为负,意味着政策对部分企业的创新激励失效;（2）政策的设计、施策对象、执行环境造成了政策效果的异质性。Logit模型回归结果显示,对于首次认定企业、小规模企业、市场环境发达地区企业创新增加的概率及程度更高;（3）企业特征是上述异质性的传导机制。引入交互项分析结果表明,政策设计失灵源于管理者的短视动机,施策对象差异化选择源于企业的知识存量,地区间政策执行效果分化源于调整成本。为提高政策创新激励效果,高新技术企业认定政策优化应考虑到政策设计、实施对象以及执行场景的特点,注重长效激励、精准施策,并不断强化营商环境支持。