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孙玉清，乳名保善，湖北黄安高桥区（今红安高桥镇）汪家畈孙家湾人。1909年3月生于一个贫苦农民家庭。父亲孙先觉、母亲张姐靠租种地主的田地来维持全家人的生活。孙玉清自幼天资聪明，性格刚毅。深受父母的喜爱。父母省吃俭用，东贷西借，再加上族人的相助，让孙玉清读了五六年的私塾。后因父亲病重，生活艰难而辍学，到本县永家河一家粮行当学徒。
就在当学徒的时候，农民运动席卷黄安各地，孙受其影响，加入了农协组织，由于他识文断字，很快成为乡农协的骨干。同时也是同各种反动势力和地主恶霸进行英勇斗争的先锋，奠定了他参加“黄安九月暴动”和著名的黄麻起义的思想基础。
在黄麻起义以后的一年多时间里，敌人对起义地区发动了多次进攻，形势异常严峻。孙玉清与参加起义的革命群众一道，在本地秘密斗争。1929年春，红三十一军三十一师部分部队从天台山地区南下，孙玉清得知后，便邀本村几名青年一起参加了红军，从此以后便步入了艰苦卓绝、浴血奋战的军旅生涯……
身先士卒，红军“战将”扬川陕
孙玉清刚到部队，就遇上了国民党军队对鄂豫边红色区域的“会剿”。机智勇敢的孙玉清在反“围剿”作战中表现突出，于1929年秋提升为班长，并加入了中国共产党。
在创建和保卫鄂豫皖革命根据地的斗争中，孙玉清先后担任红一军第一师机炮混成团排长、第一师第三团连长、红四军第十一师三十三团二营营长，参加了鄂豫皖苏区第一至四次反“围剿”斗争。在黄安、商潢、苏家埠、潢光四大战役中，因作战勇敢、完成任务好，曾多次受到团部、师部的表扬，以至在红四方面军第四军中，很多师级、团级干部都知道三十二团有个孙玉清，很能打仗。
1932年10月，红四方面军主力未能打破国民党军队的第四次反“围剿”，被迫离开鄂豫皖根据地，西进川陕。孙玉清随部队转移。10月19日，红军在枣阳新集地区遭到国民党大批追击部队的进攻。反击战持续了四天，从新集打到了土桥铺，终于将敌人击退。十一师在战斗中起了扭转全局的作用，但伤亡很大，战斗还未结束，第三十二团团长林维权、三十三团团长吴云山就已英勇牺牲。孙玉清在负伤的情况下，率领二营冒着敌人密集炮火，奋勇拼杀，为部队打开通路，立下了战功。战后，李先念政委向方面军总部提议，由孙玉清接任三十二团团长，获得批准。他二十二岁担任团长后，在危急中表现沉着，在冲锋中不顾生死，屡屡赤膊上阵，带领全团阻击围攻敌人，敌人一排排倒在我阵地面前，又一次次反扑过来，战况十分吃紧，总指挥徐向前亲临前沿阵地看到这种情况后，鼓励孙玉清说：“要沉住气，注意保存自己，消灭敌人，让敌人靠近一点再打，杀伤率就高一些。”孙玉清说：“请总指挥往后靠，注意安全，我保证人在阵地在。”于是便率部与冲上来的敌人拼杀肉搏，只杀得敌人鬼哭狼嚎，片片倒地，狼狈逃窜。尽管敌人的进攻连续不断，但由于孙玉清指挥果断，身先士卒，敌人始终没能夺取阵地，川陕根据地得到了巩固和发展。
孙玉清在担任团长期间，指挥三十二团打了战彷徨镇、战候家梁、战魁山三次大胜仗，为保卫方面军总部实现战略转移、创建川陕根据地做出了重要贡献。
历时4个月的反三路围攻作战，于6月中旬胜利结束。作战过程中，孙玉清指挥的三十二团像刚刀一样所向无敌，为全军打破田颂尧的三路围攻做出了不可磨灭的功绩。1933年8月1日，川陕省苏维埃政府在巴中城召开第二届工农兵大会。会议表彰了反三路围攻作战中3个有突出功绩的团级单位，三十二团名列第一，荣获“以一胜百”奖旗一面。孙玉清亦获“战将”美名。在反三路围攻作战刚刚结束之际，孙玉清即被提拔为第七十三师师长。
1933年7月上旬，红四方面军根据木门会议决定进行整顿扩编。第七十三师扩编为三十一军，军长由方面军副总指挥王树声担任，孙玉清为副军长。不久，因总部工作需要，王树声不再担任军长，调回总部，遗缺由孙玉清接任。这时他才24岁。
三十一军下辖九十一、九十二、九十三师。刚组建时，全军只有七个团，两个月后补充了一个团，共8个团，1600人。孙玉清在这里当了将近两年的军长，指挥大小战斗数十次，其中影响最大的是反六路围攻作战中的青龙关战斗。
突破青龙关和向敌纵深发展的胜利，造成了分割包围敌人极为有利的态势。促进了反六路围攻作战的胜利结束。战后，徐向前由孙玉清陪同，亲临二七四团慰问。在随后召开的红四方面军党政工作会议上，二七四团作为反六路围攻战绩突出的部队之一，被授予“夜袭常胜军”奖旗。方面军所辖5个军（即四军、九军、三十军、三十一军、三十三军）受到表彰的共有十个团级单位，三十一军占了三个，另两个也是九十三师的，一个是二七一团，一个是二七九团，是获奖最多的一个军。
自1933年11月至1934年6月底，红四方面军和地方武装赤卫军相配合经过四期收紧阵地和两次大规模的反击，先后共歼敌37000余人，大大削弱了敌人，壮大了自己。取得了如此之大的战果，孙玉清部功不可没。
军长负伤，“撤职”因败古浪城
红军一、四方面军在懋会师后不久，四方面军对部分军级单位的主官进行调整，孙玉清被调到红九军任军长，原三十军军长余天云调任三十一军军长。九军政委是反六路围攻胜利后由二十五师政委提拔起来的王海松。
红四方面军经过艰难曲折的长征，于1936年10月进入甘肃会宁地区，与红一方面军会合。10月下旬，根据党中央和中央军委命令，红四方面军第九军、三十军和长征途中随红四方面军行动的第五军，西渡黄河，执行宁夏战役计划。后来，河东敌情发生了重大变化，中央决定停止执行宁夏战役计划。11月11日，中央决定过河部队改称西路军，在河西创建根据地，单独执行向西打通远方，建立与共产国际联系的任务。为此成立了陈昌浩为主席、徐向前为副主席的西路军军政委员会，“统一管理军事、政治与党务”。
孙玉清和部队广大指战员都是第一次来到这个陌生而又荒凉的地区。不见绿色，不见河流，不见树木，只有风沙、土丘、戈壁滩。铁板似的戈壁滩上，布满着大小不等、五颜六色的坚硬砾石，间或衬托着几撮枯黄的骆驼草，在鬼哭狼嚎似的寒风颤抖。这些恶劣的自然环境并不可怕，可怕的是党在河西几乎没有群众基础，兵源无补，给养无着，而本来就疲惫不堪的红军面对的是多为回民组成，日式装备，向以剽悍、凶残而著称的(马步青、马步芳兄弟二人为主力)马家军。为了完成中央交给的任务，在西路军总部的指挥下，孙玉清和陈海松率领九军浴血奋战河西，展开了生死之战。这时的九军，只辖有二十五、二十七两个师。总部决定军政委员会委员副总指挥王树声随九军行动。
开始几仗打得还算顺利，有些收获。如11月初的锁罕堡战斗，九军将敌马禄旅600余人围困于堡北土围子内，当马步芳部骑兵两个旅一起来解救时，途中遭到李先念、程世才率领的三十军的英勇抗击，将其击退。第三天，敌人又纠集3个骑兵旅和两个步兵旅，在猛烈的炮火下发动进攻。九军、三十军奋起迎战，连续击退敌人的6次冲锋，多次与敌展开巷战、肉搏，再次给敌人以沉重打击。被围于土围子的敌人见势不妙，惧怕被歼，在孙玉清、陈海松等领导人的一再争取下，表示“接受”联合抗日的主张，愿意交出部分粮食“撤出凉州”。11月4日，九军在打拉牌阵地遭到敌骑兵旅、特务团及反动民团共5000余人的反扑，孙玉清指挥二十七师与敌激战7个小时，将敌全部击溃，毙伤俘敌500余人，缴获大炮3门，机关枪数挺。11月10日，九军奉命进至干柴洼地区，以第七十二师扼守北山阵地，阻击尾追之敌，掩护三十军前进。11日刚天亮，敌骑兵两个旅、步兵一个旅在反动民团的配合下，分别由东、西、南三面向干柴洼猛扑。二十七师利用地形地物，多次打退了敌人的进攻。敌指挥官马元海不肯罢休，又重新组织力量，空中利用飞机做掩护，地面集中火力支援。二十七师前沿阵地被敌人突破，敌人大部队人马向九军军部驻地直压过来，情况十分严重。孙玉清、陈海松立即命令部队全体参谋人员和交通队组织起来，一齐上阵，与敌展开殊死搏斗。孙玉清也亲自参加战斗。部队接连打退了敌人的3次进攻。这时，刘理运师长率领二十五师从敌人的侧翼打过去，敌人见势不妙，连死尸也顾不上拉就败退下去了。
战罢干柴洼，九军二十七师八十一团于11月13日袭占古浪城，守敌逃窜。15日，九军除留二十五师1个团在横梁山地区防守外，其余全部进抵古浪。
古浪是个小城镇，坐落在两面夹山的川道里，地势较低，易攻不易守。城的东北面是一片开阔的沙石地段，比较平坦；城南和西南方向是乌鞘岭，距城最近的南山，居高临下，可俯瞰全城。根据这个地形，王树声、孙玉清、陈海松一起研究决定，派二十五师1个团控制南山制高点，在山上构筑工事做固守准备；二十五师另1个团布于城南门外两翼，加强警戒；二十七师驻守来路方向，并向通往凉州方向派出警戒。
盘踞在凉州的敌马步青部，听说古浪被红军占领，十分惊慌，一面电令马元海迅速夺回古浪城，一面又调来增援部队，企图夹击红军。16日拂晓，敌集中3个骑兵旅、两个步兵旅和4个民团，在飞机大炮掩护下，从西南和东北两面发动猛烈攻击。孙玉清、陈海松指挥部队依托外围阵地及城垣，顽强抵抗，给敌人以严重杀伤。17日敌集中兵力强攻击南山。坚守在南山阵地的1个团血拼血战，子弹打完了用刺刀和大刀拼杀，手榴弹扔完了用石头砸，在给敌人以重大杀伤的同时，全团几乎全部牺牲。敌人控制了南山，于当日午后和第二天几次围攻古浪城，一夜突入城内。孙玉清、陈海松命令交通队和机关人员出击，与敌展开激烈的巷战。孙玉清不顾个人安危，亲自挥刀上阵，边指挥、边作战，不幸被敌人的大刀砍伤。在万分危急的时刻，二十七师杀开一条血路，从东北方向接应过来，对突击古浪城内的敌人形成内外夹击的态势。敌人见势不妙，逃出城外。
古浪城这一仗，打得异常残酷、惨烈。数倍于红军的敌人，利用空中、地面和装备优势，妄图把红军赶尽杀绝。九军奋勇杀敌，以一当十、当百，苦战三天，敌人尸体成山，死伤2000余人。但自身也受严重损失，伤亡达2400余人。军长孙玉清负伤，军参谋长陈伯稚、二十五师师长王海清、二十七师政委易汉文均壮烈牺牲，部队被迫撤出战斗，放弃古浪。
古往今来，军法无情。更何况是共产党领导下的红军，纪律比铁还要硬，在你死我活的战场上，上级对下级就只能讲结果，不能讲原因。九军元气大伤后，开到永昌整训，西路军军政委员会主席陈昌浩赶来参加。在城内一个天主教堂里，陈昌浩只字不提孙玉清伤势如何，只是气得发抖，指责孙玉清、陈海松没打好仗，当场宣布撤销孙玉清军长职务，派原三十一军参谋长李聚奎到九军进行整顿（同年12月又决定王树声兼任九军军长），并召开九军营以上干部会，批判孙玉清、批评陈海松。孙玉清无话可说，默默地接受着处分和批判。
带伤复职，再遭围困落敌手
1937年1月20日，高台战斗失利，五军损失惨重，军长董振堂、政治部主任杨克明等领导人壮烈牺牲。五军番号保留。西路军断臂折戟，三去其一，处境愈加艰难。鉴于这种情况，孙玉清伤势未愈被任命为五军军长。说是军长，其实这时的五军只有极少数的幸存者，合起来不足1个营。孙玉清他们突围后进入南山，还未等找到原五军人员，即被反动民团打散，大部分被敌人俘获残害。五军政委黄超、新任政治部主任谢良、新任军参谋长毕占云也未能走到一块，有的跟总部和三十军行动；有的被打落，带着百十号人就地游击。孙玉清只好跟随九军的零散人员，一路苦战。
这期间，西路军无日不战，力量日益削减。3月12日梨园口战斗，九军又损失两个多团，三十军也损失了近两个团。西路军由原来过河时的21800人，到退入祁连山的兵力，连大批伤员在内已不满3000人。彻底陷入了全军覆没的境地。孙王清和李聚奎、方强（九军政治部宣传部长）、朱良才（三十军政治部副主任）、徐再先（九军政治部主任）、吴先恩(九军供给部部长)等一起，艰难地沿着祁连山向东行进。一天，他们刚刚歇脚准备宿营，突然遭到敌人的袭击，这几名干部也被打散。孙玉清带领十几个人准备化装去陕北。不料，于1937年3月的一天又与反动民团在酒泉南山三道沟遭遇，激战中，孙玉清腰部中弹倒下后被敌人俘获。敌人缴下了他的手枪、子弹、指南针、日记本等物品，将孙押到马步康旅旅部。不久，又由敌团长马忠义将其押到青海西宁，囚禁于东关马忠义的住所。
蒋介石得到孙玉清被捕的消息后，曾给马步芳打了三次电报，第一次：“在你的俘虏中有一个红军军长查明送兰州。”第二次：“根据情报有一个红军军长被俘虏要仔细查对。”第三次：“此军长在你的部下张台长家。”马步芳迟迟不肯把孙玉清交给蒋介石，企图单独劝降孙玉清归顺于他。
5月17日，孙玉清押解到西宁，马步芳装模作样到离城10里外的莫家泉湾“远迎”，并在省政府二堂东厅“设宴招待”。席上，马得意洋洋地对孙玉清说：“你是军长，我也是军长。你今日被俘，有何话说?”孙玉清答道：“我们这次失败，犯了兵家所忌的孤军深入的错误，红军又没有补给线，同时吃了你们骑兵的亏。不过，你们取胜是侥幸的。”“难道你们红军、共产党就真的不怕死吗?只要你到我们这边来，不仅不死，还可以给你一官半职。”孙玉清斩钉截铁地说：“怕死就不当红军，就不参加共产党，我从参加革命时起，就把生命置之度外。现在我死而无憾，并以此为荣。”马步芳无言以对，只好草草收场。
对于劝降孙玉清的事，马步芳并不死心，几天后，又亲自陪着孙玉清到西宁的南门外和惠宁桥等地，看望被俘后强迫服苦役的红军战士，要他讲几句话“劝导”下属“安心改造”。孙玉清看到这些曾经一块出生入死、衣破褴衫的战友们，没有牺牲在战场上，却落在了凶残至极的马匪手中，肯定是凶多吉少，便心情沉重地对大家说：“同志们，西路军虽然失败了，但红军仍然存在，主力红军在陕北壮大了，党中央在陕北站住了脚，红军是斩不尽、杀不绝的！在党中央和毛主席的领导下我们形势只会越来越好！”
敌人的软化手段，达不到罪恶目的。马步芳终于对这位英勇善战的红军军长下了毒手，1937年五六间的一个深夜，马步芳将孙玉清秘密杀害于马忠义住处后院的马槽下面，时年28岁。一代红军名将就此陨落在抗日战争即将全面爆发的前夜。为了革命事业，他洒尽了最后一滴血，残暴的敌人将孙尸首分离，拍下他的首级照片，除此以外，连一张完整的照片都没有流传下来。再现了夏明翰烈士的“敌人只能砍下我们的头颅，决不能动摇我们的信仰”的视死如归的精神。
国强民富，千秋万代祭英灵
孙玉清对革命事业赤胆忠心，战功卓著。徐向前元帅曾对他给予了高度的评价：
1980年5月23日徐帅说：“孙玉清同志作战勇敢，有战将之称，他就义在青海，应该纪念他。”
1983午3月20日徐帅又说：“孙玉清同志是一位战将，任三十一军军长时打了不少胜仗，有很多战例，应该纪念他。”
曾任西路军军政委员会委员、三十军政委的李先念，在1983年5月13日“关于孙玉清、熊厚发的情况”给中共青海党史资料征集委员会的复信中说：“西路军时，古浪战斗失利，主要责任不在孙玉清。”李先念还称赞孙玉清：“是我们党的好党员，是人民的忠诚战士，是我军的优秀指挥员。”徐向前也说“……仗没有打好，孙玉清没多大责任，那是西路军上级指挥的，且因敌强，又突然袭击造成的。”总之，把古浪战斗失利的主要责任归结到九军领导尤其是孙玉清身上，有失公正。他是军长，但不是军政委员会成员，作战决策并无最终决定权。
孙玉清烈士已经在大好河山之下长眠了七十多年。人民共和国经过六十多年的发展，尤其是改革开放后的突飞猛进。迎来了国家的繁荣富强，人民的幸福安康。这些都是千千万万像孙玉清那样有名和无名的烈士用鲜血和生命换来的。党和人民永远不会忘记自己的英雄儿女。1988年8月15日，青海西宁市委、市政府在孙玉清军长的牺牲地，为他建立了汉白玉雕像与烈士纪念碑。
纪念碑上有徐向前元帅的亲笔题词：孙玉清烈士永垂不朽！
就在当学徒的时候，农民运动席卷黄安各地，孙受其影响，加入了农协组织，由于他识文断字，很快成为乡农协的骨干。同时也是同各种反动势力和地主恶霸进行英勇斗争的先锋，奠定了他参加“黄安九月暴动”和著名的黄麻起义的思想基础。
在黄麻起义以后的一年多时间里，敌人对起义地区发动了多次进攻，形势异常严峻。孙玉清与参加起义的革命群众一道，在本地秘密斗争。1929年春，红三十一军三十一师部分部队从天台山地区南下，孙玉清得知后，便邀本村几名青年一起参加了红军，从此以后便步入了艰苦卓绝、浴血奋战的军旅生涯……
身先士卒，红军“战将”扬川陕
孙玉清刚到部队，就遇上了国民党军队对鄂豫边红色区域的“会剿”。机智勇敢的孙玉清在反“围剿”作战中表现突出，于1929年秋提升为班长，并加入了中国共产党。
在创建和保卫鄂豫皖革命根据地的斗争中，孙玉清先后担任红一军第一师机炮混成团排长、第一师第三团连长、红四军第十一师三十三团二营营长，参加了鄂豫皖苏区第一至四次反“围剿”斗争。在黄安、商潢、苏家埠、潢光四大战役中，因作战勇敢、完成任务好，曾多次受到团部、师部的表扬，以至在红四方面军第四军中，很多师级、团级干部都知道三十二团有个孙玉清，很能打仗。
1932年10月，红四方面军主力未能打破国民党军队的第四次反“围剿”，被迫离开鄂豫皖根据地，西进川陕。孙玉清随部队转移。10月19日，红军在枣阳新集地区遭到国民党大批追击部队的进攻。反击战持续了四天，从新集打到了土桥铺，终于将敌人击退。十一师在战斗中起了扭转全局的作用，但伤亡很大，战斗还未结束，第三十二团团长林维权、三十三团团长吴云山就已英勇牺牲。孙玉清在负伤的情况下，率领二营冒着敌人密集炮火，奋勇拼杀，为部队打开通路，立下了战功。战后，李先念政委向方面军总部提议，由孙玉清接任三十二团团长，获得批准。他二十二岁担任团长后，在危急中表现沉着，在冲锋中不顾生死，屡屡赤膊上阵，带领全团阻击围攻敌人，敌人一排排倒在我阵地面前，又一次次反扑过来，战况十分吃紧，总指挥徐向前亲临前沿阵地看到这种情况后，鼓励孙玉清说：“要沉住气，注意保存自己，消灭敌人，让敌人靠近一点再打，杀伤率就高一些。”孙玉清说：“请总指挥往后靠，注意安全，我保证人在阵地在。”于是便率部与冲上来的敌人拼杀肉搏，只杀得敌人鬼哭狼嚎，片片倒地，狼狈逃窜。尽管敌人的进攻连续不断，但由于孙玉清指挥果断，身先士卒，敌人始终没能夺取阵地，川陕根据地得到了巩固和发展。
孙玉清在担任团长期间，指挥三十二团打了战彷徨镇、战候家梁、战魁山三次大胜仗，为保卫方面军总部实现战略转移、创建川陕根据地做出了重要贡献。
历时4个月的反三路围攻作战，于6月中旬胜利结束。作战过程中，孙玉清指挥的三十二团像刚刀一样所向无敌，为全军打破田颂尧的三路围攻做出了不可磨灭的功绩。1933年8月1日，川陕省苏维埃政府在巴中城召开第二届工农兵大会。会议表彰了反三路围攻作战中3个有突出功绩的团级单位，三十二团名列第一，荣获“以一胜百”奖旗一面。孙玉清亦获“战将”美名。在反三路围攻作战刚刚结束之际，孙玉清即被提拔为第七十三师师长。
1933年7月上旬，红四方面军根据木门会议决定进行整顿扩编。第七十三师扩编为三十一军，军长由方面军副总指挥王树声担任，孙玉清为副军长。不久，因总部工作需要，王树声不再担任军长，调回总部，遗缺由孙玉清接任。这时他才24岁。
三十一军下辖九十一、九十二、九十三师。刚组建时，全军只有七个团，两个月后补充了一个团，共8个团，1600人。孙玉清在这里当了将近两年的军长，指挥大小战斗数十次，其中影响最大的是反六路围攻作战中的青龙关战斗。
突破青龙关和向敌纵深发展的胜利，造成了分割包围敌人极为有利的态势。促进了反六路围攻作战的胜利结束。战后，徐向前由孙玉清陪同，亲临二七四团慰问。在随后召开的红四方面军党政工作会议上，二七四团作为反六路围攻战绩突出的部队之一，被授予“夜袭常胜军”奖旗。方面军所辖5个军（即四军、九军、三十军、三十一军、三十三军）受到表彰的共有十个团级单位，三十一军占了三个，另两个也是九十三师的，一个是二七一团，一个是二七九团，是获奖最多的一个军。
自1933年11月至1934年6月底，红四方面军和地方武装赤卫军相配合经过四期收紧阵地和两次大规模的反击，先后共歼敌37000余人，大大削弱了敌人，壮大了自己。取得了如此之大的战果，孙玉清部功不可没。
军长负伤，“撤职”因败古浪城
红军一、四方面军在懋会师后不久，四方面军对部分军级单位的主官进行调整，孙玉清被调到红九军任军长，原三十军军长余天云调任三十一军军长。九军政委是反六路围攻胜利后由二十五师政委提拔起来的王海松。
红四方面军经过艰难曲折的长征，于1936年10月进入甘肃会宁地区，与红一方面军会合。10月下旬，根据党中央和中央军委命令，红四方面军第九军、三十军和长征途中随红四方面军行动的第五军，西渡黄河，执行宁夏战役计划。后来，河东敌情发生了重大变化，中央决定停止执行宁夏战役计划。11月11日，中央决定过河部队改称西路军，在河西创建根据地，单独执行向西打通远方，建立与共产国际联系的任务。为此成立了陈昌浩为主席、徐向前为副主席的西路军军政委员会，“统一管理军事、政治与党务”。
孙玉清和部队广大指战员都是第一次来到这个陌生而又荒凉的地区。不见绿色，不见河流，不见树木，只有风沙、土丘、戈壁滩。铁板似的戈壁滩上，布满着大小不等、五颜六色的坚硬砾石，间或衬托着几撮枯黄的骆驼草，在鬼哭狼嚎似的寒风颤抖。这些恶劣的自然环境并不可怕，可怕的是党在河西几乎没有群众基础，兵源无补，给养无着，而本来就疲惫不堪的红军面对的是多为回民组成，日式装备，向以剽悍、凶残而著称的(马步青、马步芳兄弟二人为主力)马家军。为了完成中央交给的任务，在西路军总部的指挥下，孙玉清和陈海松率领九军浴血奋战河西，展开了生死之战。这时的九军，只辖有二十五、二十七两个师。总部决定军政委员会委员副总指挥王树声随九军行动。
开始几仗打得还算顺利，有些收获。如11月初的锁罕堡战斗，九军将敌马禄旅600余人围困于堡北土围子内，当马步芳部骑兵两个旅一起来解救时，途中遭到李先念、程世才率领的三十军的英勇抗击，将其击退。第三天，敌人又纠集3个骑兵旅和两个步兵旅，在猛烈的炮火下发动进攻。九军、三十军奋起迎战，连续击退敌人的6次冲锋，多次与敌展开巷战、肉搏，再次给敌人以沉重打击。被围于土围子的敌人见势不妙，惧怕被歼，在孙玉清、陈海松等领导人的一再争取下，表示“接受”联合抗日的主张，愿意交出部分粮食“撤出凉州”。11月4日，九军在打拉牌阵地遭到敌骑兵旅、特务团及反动民团共5000余人的反扑，孙玉清指挥二十七师与敌激战7个小时，将敌全部击溃，毙伤俘敌500余人，缴获大炮3门，机关枪数挺。11月10日，九军奉命进至干柴洼地区，以第七十二师扼守北山阵地，阻击尾追之敌，掩护三十军前进。11日刚天亮，敌骑兵两个旅、步兵一个旅在反动民团的配合下，分别由东、西、南三面向干柴洼猛扑。二十七师利用地形地物，多次打退了敌人的进攻。敌指挥官马元海不肯罢休，又重新组织力量，空中利用飞机做掩护，地面集中火力支援。二十七师前沿阵地被敌人突破，敌人大部队人马向九军军部驻地直压过来，情况十分严重。孙玉清、陈海松立即命令部队全体参谋人员和交通队组织起来，一齐上阵，与敌展开殊死搏斗。孙玉清也亲自参加战斗。部队接连打退了敌人的3次进攻。这时，刘理运师长率领二十五师从敌人的侧翼打过去，敌人见势不妙，连死尸也顾不上拉就败退下去了。
战罢干柴洼，九军二十七师八十一团于11月13日袭占古浪城，守敌逃窜。15日，九军除留二十五师1个团在横梁山地区防守外，其余全部进抵古浪。
古浪是个小城镇，坐落在两面夹山的川道里，地势较低，易攻不易守。城的东北面是一片开阔的沙石地段，比较平坦；城南和西南方向是乌鞘岭，距城最近的南山，居高临下，可俯瞰全城。根据这个地形，王树声、孙玉清、陈海松一起研究决定，派二十五师1个团控制南山制高点，在山上构筑工事做固守准备；二十五师另1个团布于城南门外两翼，加强警戒；二十七师驻守来路方向，并向通往凉州方向派出警戒。
盘踞在凉州的敌马步青部，听说古浪被红军占领，十分惊慌，一面电令马元海迅速夺回古浪城，一面又调来增援部队，企图夹击红军。16日拂晓，敌集中3个骑兵旅、两个步兵旅和4个民团，在飞机大炮掩护下，从西南和东北两面发动猛烈攻击。孙玉清、陈海松指挥部队依托外围阵地及城垣，顽强抵抗，给敌人以严重杀伤。17日敌集中兵力强攻击南山。坚守在南山阵地的1个团血拼血战，子弹打完了用刺刀和大刀拼杀，手榴弹扔完了用石头砸，在给敌人以重大杀伤的同时，全团几乎全部牺牲。敌人控制了南山，于当日午后和第二天几次围攻古浪城，一夜突入城内。孙玉清、陈海松命令交通队和机关人员出击，与敌展开激烈的巷战。孙玉清不顾个人安危，亲自挥刀上阵，边指挥、边作战，不幸被敌人的大刀砍伤。在万分危急的时刻，二十七师杀开一条血路，从东北方向接应过来，对突击古浪城内的敌人形成内外夹击的态势。敌人见势不妙，逃出城外。
古浪城这一仗，打得异常残酷、惨烈。数倍于红军的敌人，利用空中、地面和装备优势，妄图把红军赶尽杀绝。九军奋勇杀敌，以一当十、当百，苦战三天，敌人尸体成山，死伤2000余人。但自身也受严重损失，伤亡达2400余人。军长孙玉清负伤，军参谋长陈伯稚、二十五师师长王海清、二十七师政委易汉文均壮烈牺牲，部队被迫撤出战斗，放弃古浪。
古往今来，军法无情。更何况是共产党领导下的红军，纪律比铁还要硬，在你死我活的战场上，上级对下级就只能讲结果，不能讲原因。九军元气大伤后，开到永昌整训，西路军军政委员会主席陈昌浩赶来参加。在城内一个天主教堂里，陈昌浩只字不提孙玉清伤势如何，只是气得发抖，指责孙玉清、陈海松没打好仗，当场宣布撤销孙玉清军长职务，派原三十一军参谋长李聚奎到九军进行整顿（同年12月又决定王树声兼任九军军长），并召开九军营以上干部会，批判孙玉清、批评陈海松。孙玉清无话可说，默默地接受着处分和批判。
带伤复职，再遭围困落敌手
1937年1月20日，高台战斗失利，五军损失惨重，军长董振堂、政治部主任杨克明等领导人壮烈牺牲。五军番号保留。西路军断臂折戟，三去其一，处境愈加艰难。鉴于这种情况，孙玉清伤势未愈被任命为五军军长。说是军长，其实这时的五军只有极少数的幸存者，合起来不足1个营。孙玉清他们突围后进入南山，还未等找到原五军人员，即被反动民团打散，大部分被敌人俘获残害。五军政委黄超、新任政治部主任谢良、新任军参谋长毕占云也未能走到一块，有的跟总部和三十军行动；有的被打落，带着百十号人就地游击。孙玉清只好跟随九军的零散人员，一路苦战。
这期间，西路军无日不战，力量日益削减。3月12日梨园口战斗，九军又损失两个多团，三十军也损失了近两个团。西路军由原来过河时的21800人，到退入祁连山的兵力，连大批伤员在内已不满3000人。彻底陷入了全军覆没的境地。孙王清和李聚奎、方强（九军政治部宣传部长）、朱良才（三十军政治部副主任）、徐再先（九军政治部主任）、吴先恩(九军供给部部长)等一起，艰难地沿着祁连山向东行进。一天，他们刚刚歇脚准备宿营，突然遭到敌人的袭击，这几名干部也被打散。孙玉清带领十几个人准备化装去陕北。不料，于1937年3月的一天又与反动民团在酒泉南山三道沟遭遇，激战中，孙玉清腰部中弹倒下后被敌人俘获。敌人缴下了他的手枪、子弹、指南针、日记本等物品，将孙押到马步康旅旅部。不久，又由敌团长马忠义将其押到青海西宁，囚禁于东关马忠义的住所。
蒋介石得到孙玉清被捕的消息后，曾给马步芳打了三次电报，第一次：“在你的俘虏中有一个红军军长查明送兰州。”第二次：“根据情报有一个红军军长被俘虏要仔细查对。”第三次：“此军长在你的部下张台长家。”马步芳迟迟不肯把孙玉清交给蒋介石，企图单独劝降孙玉清归顺于他。
5月17日，孙玉清押解到西宁，马步芳装模作样到离城10里外的莫家泉湾“远迎”，并在省政府二堂东厅“设宴招待”。席上，马得意洋洋地对孙玉清说：“你是军长，我也是军长。你今日被俘，有何话说?”孙玉清答道：“我们这次失败，犯了兵家所忌的孤军深入的错误，红军又没有补给线，同时吃了你们骑兵的亏。不过，你们取胜是侥幸的。”“难道你们红军、共产党就真的不怕死吗?只要你到我们这边来，不仅不死，还可以给你一官半职。”孙玉清斩钉截铁地说：“怕死就不当红军，就不参加共产党，我从参加革命时起，就把生命置之度外。现在我死而无憾，并以此为荣。”马步芳无言以对，只好草草收场。
对于劝降孙玉清的事，马步芳并不死心，几天后，又亲自陪着孙玉清到西宁的南门外和惠宁桥等地，看望被俘后强迫服苦役的红军战士，要他讲几句话“劝导”下属“安心改造”。孙玉清看到这些曾经一块出生入死、衣破褴衫的战友们，没有牺牲在战场上，却落在了凶残至极的马匪手中，肯定是凶多吉少，便心情沉重地对大家说：“同志们，西路军虽然失败了，但红军仍然存在，主力红军在陕北壮大了，党中央在陕北站住了脚，红军是斩不尽、杀不绝的！在党中央和毛主席的领导下我们形势只会越来越好！”
敌人的软化手段，达不到罪恶目的。马步芳终于对这位英勇善战的红军军长下了毒手，1937年五六间的一个深夜，马步芳将孙玉清秘密杀害于马忠义住处后院的马槽下面，时年28岁。一代红军名将就此陨落在抗日战争即将全面爆发的前夜。为了革命事业，他洒尽了最后一滴血，残暴的敌人将孙尸首分离，拍下他的首级照片，除此以外，连一张完整的照片都没有流传下来。再现了夏明翰烈士的“敌人只能砍下我们的头颅，决不能动摇我们的信仰”的视死如归的精神。
国强民富，千秋万代祭英灵
孙玉清对革命事业赤胆忠心，战功卓著。徐向前元帅曾对他给予了高度的评价：
1980年5月23日徐帅说：“孙玉清同志作战勇敢，有战将之称，他就义在青海，应该纪念他。”
1983午3月20日徐帅又说：“孙玉清同志是一位战将，任三十一军军长时打了不少胜仗，有很多战例，应该纪念他。”
曾任西路军军政委员会委员、三十军政委的李先念，在1983年5月13日“关于孙玉清、熊厚发的情况”给中共青海党史资料征集委员会的复信中说：“西路军时，古浪战斗失利，主要责任不在孙玉清。”李先念还称赞孙玉清：“是我们党的好党员，是人民的忠诚战士，是我军的优秀指挥员。”徐向前也说“……仗没有打好，孙玉清没多大责任，那是西路军上级指挥的，且因敌强，又突然袭击造成的。”总之，把古浪战斗失利的主要责任归结到九军领导尤其是孙玉清身上，有失公正。他是军长，但不是军政委员会成员，作战决策并无最终决定权。
孙玉清烈士已经在大好河山之下长眠了七十多年。人民共和国经过六十多年的发展，尤其是改革开放后的突飞猛进。迎来了国家的繁荣富强，人民的幸福安康。这些都是千千万万像孙玉清那样有名和无名的烈士用鲜血和生命换来的。党和人民永远不会忘记自己的英雄儿女。1988年8月15日，青海西宁市委、市政府在孙玉清军长的牺牲地，为他建立了汉白玉雕像与烈士纪念碑。
纪念碑上有徐向前元帅的亲笔题词：孙玉清烈士永垂不朽！