【摘 要】
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[目的]识别并修正由断裂的标记基因引起的来自宏基因组测序组装的基因组污染度的高估.[方法]利用纯菌完整基因组构造的模拟数据来分析断裂基因对基因组质量评估的影响以及设定矫正参数,基于nr库的分类学注释结果来判定2个断裂标记基因(即断裂基因对)是否来自于同一标记基因,在剔除断裂冗余基因后重新计算污染度.[结果]基于纯菌完整基因组模拟打断数据的结果表明基因组片段化程度越高,基因组的污染度越高,并且该现象在分箱获得的微生物基因组草图中也有体现.我们设计的矫正流程能将纯菌模拟打断数据的污染度纠正到完整基因组的水平.
【机 构】
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厦门大学生命科学学院,福建厦门 361102;厦门大学生命科学学院,福建厦门 361102;南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海),广东珠海510275;资源微生物福建省高校重点实验室,福建厦门 36
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[目的]识别并修正由断裂的标记基因引起的来自宏基因组测序组装的基因组污染度的高估.[方法]利用纯菌完整基因组构造的模拟数据来分析断裂基因对基因组质量评估的影响以及设定矫正参数,基于nr库的分类学注释结果来判定2个断裂标记基因(即断裂基因对)是否来自于同一标记基因,在剔除断裂冗余基因后重新计算污染度.[结果]基于纯菌完整基因组模拟打断数据的结果表明基因组片段化程度越高,基因组的污染度越高,并且该现象在分箱获得的微生物基因组草图中也有体现.我们设计的矫正流程能将纯菌模拟打断数据的污染度纠正到完整基因组的水平.在对760个肠道和土壤宏基因组来源的污染度大于0的基因组草图进行矫正后,接近半数基因组的污染度降低,其中43个基因组的污染度降至0.[结论]我们的流程可以在一定程度上矫正由断裂基因引起的基因组污染度的高估,提高分箱基因组草图的可利用率,并可应用于需求日益增加的宏基因组来源的基因组质量评估中.
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[目的]分析非小细胞肺癌患者与肺部良性病变患者肠道微生物的构成差异,探究特异肠道菌群对非小细胞肺癌发生发展的影响.[方法]收集63例患者粪便样本,非小细胞肺癌患者39例,其中肺腺癌(ADC) 32例,肺鳞癌(SCC)7例,肺部良性病变患者24例,进行16S rDNA测序.[结果]毛螺菌属(Lachnospira)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗氏菌属(Roseburia)和纺锤链杆属(Fusicatenibacter)在肺腺癌患者中显著富集,在肺鳞
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