【摘 要】
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目的 探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础.方法 采用Illumina/Solexa Hiseq 2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能
【机 构】
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湖南中医药大学生物工程实验室,长沙,410208;湖南省中药饮片标准化及功能工程技术中心,长沙,410208
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目的 探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础.方法 采用Illumina/Solexa Hiseq 2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索.结果 共获得4 907 020 800个clean reads,含4.90 Gb的有效数据.利用生物信息学对clean reads进行拼接和组装共获得157 450条Unigene,总长度、平均长度和N5o分别为115.49 Mb,734 bp和1510bp.进一步进行基因功能预测,在GO数据库中共有17 756条Unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程3大类别中,将Unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中大部分Unigene与叶片中物质的合成与转运相关.在KEGG数据库中进行搜索比对,Unigene可定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物苯丙素类、黄酮类和萜类生成的Unigene数目分别为860,216和806条.利用SSR分析软件,在所有的Unigene中共搜索到17 593个SSR位点,重复类型以二核苷酸为主.结论 本研究首次对小叶女贞转录组进行测序分析,获得的参与次生代谢的关键基因可为研究小叶女贞药用成分的生物合成和调控机制研究奠定基础.
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