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利用不同的引物、引物浓度、复性温度、dNTPs浓度、Taq酶含量等对棉花品种鄂荆1号、PimaS-3进行RAPD分析。结果表明,高温复性有利于提高扩增带型的特异性。低Mg2+浓度易导致小片断扩增,高Mg3+浓度易产生非特异带型。dNTPs浓度增加导致扩增带型的数目减少。双引物扩增带型与卓引物相比可以检测到更多的品种间遗传差异。根据上述分析,棉花RAPD分析反应物组成为:1X反应buffcr、1.8mmol.L-1Mg2+、0.16mmol·L-1dNTPs、40ngDNA、0.6μmol.L-1