本文针对当前我国新农合基金绩效评价中的突出问题,以基本公共价值为取向通过新农合基金对于农民群众产生的实质性影响及满意度视角,依据逻辑模型(投入、过程、产出和效益)和新公共管理"效率、效果、经济、公平"的"4E"原则,开发出一套科学有效且具有较强针对性和操作性的新农合基金运行绩效评价指标体系,基于该指标体系并结合因子分析法对甘肃省14个市(州)的新农合基金运行绩效做出综合评价。数据分析结果表明,构建的新型农村合作医疗基金绩效评价指标体系有较强的适用性,对甘肃省14个市州进行的绩效评价结论与实际较为吻合。本文发现,当前我国新农合基金绩效评价过于突出对基金运行效率的追求,忽视了农民群众的满意度。未来在新农合基金的管理模式、路径、技术方法上仍存在较大提升空间。同时,新农合基金运行在很大程度上受到区域差异和综合经济发展水平的影响,被评估的甘肃省各市州之间新农合基金的运行效果存在明显差异。从新农合基金运行来看,各级政府投入不足,基金筹资结构不合理,农民参合受益水平较低、医疗资源使用效率低等问题依然较为集中。本文建议,为了提高我国新农合基金的实际绩效,一是要明确新型农村合作医疗基金的公共产品属性,以结果导向而非效率导向做好顶层设计和管理方案;二是要立足区域经济发展水平,通过加大政府财政投入,稳步提升财政补助标准,优化基金筹资结构,激活基金利益相关者的活力与积极性,完善基金管理体系,促进区域内医疗卫生资源合理配置;三是要加强新农合基金的全过程监管和产出结果评价,确保提高基金实际补偿水平,加快提升新农合基金管理机构内部管理能力的现代化。