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高等教育学是一门应用性学科，高等教育研究机构的发展应遵循应用性的高等教育学学科建设逻辑。通过对我国60所优秀高等教育研究机构发展的逻辑的分析，可以发现其存在遵循了“不合时宜”的经典学科建设逻辑，以及受到“工具主义科学价值观”的束缚的问题。为实现我国高等教育研究机构的可持续发展，应促进中国特色应用性高等教育学学科建设，促使部分高等教育研究机构走专业化“智库”的发展道路以及促使部分高等教育研究机构转型为院校研究机构。