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细菌性软腐病对大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)的危害严重,胡萝卜果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum,Pc)是主要致病菌.本研究基于大白菜软腐病防御反应相关基因,拟开发软腐病抗性基因的分子标记.首先利用生物信息学方法对具有自主产权的大白菜抗软腐病相关基因的表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)数据进行分析,设计合成56对特异性引物,在大白菜软腐病抗病材料(A19-2)和感病材料(A32-2)亲本间筛选有多态性的EST-PCR和EST-CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence)标记.在两亲本F1代自交产生的F2代群体中(142个单株),统计标记位点的基因型,进行标记的分离分析.56对设计合成的特异性引物均能在亲本中扩增出清晰条带,其中具有多态性的标记共鉴定出30个:11个EST-PCR标记,19个EST-CAPS标记(其中有9对引物和限制性内切酶的组合不唯一);14个显性标记,16个共显性标记.将上述30个标记位点在F2代群体142个单株中的基因型进行统计,结果显示符合3∶1或1∶2∶1分离比例的位点共有24个,频率为80％;表现偏分离(不符合孟德尔分离比,P＜0.05)的位点有6个,频率为20％.本研究利用大白菜抗软腐病相关的ESTs资源,开发了EST-PCR和EST-CAPS分子标记,对于加速大白菜ESTs资源的开发利用、大白菜抗性基因定位和分子标记辅助育种技术等研究具有一定的意义.