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一些易形成水华或浮渣的有毒蓝藻品系在组成上占优势,产生的毒素超过了敏感动物的耐受阀值时,即可能造成大量的家畜、野生动物或鱼类中毒死亡。目前已知淡水蓝藻毒素主要为生物碱、多肽、蝶啶类或脂多糖,但新的有毒品系产生的新毒素不断被发现,毒素结构也研究得越来越清楚。淡水蓝藻水华还能引起过敏反应以及在供水过程中导致人类胃肠炎突然蔓延。