制度创新就是人们在现有的生产和生活环境条件下，通过创设新的、更能有效激励人们行为的制度、规范体系来实现社会的持续发展和变革的创新。所有创新活动都有赖于制度创新的积淀和持续激励，通过制度创新得以固化，并以制度化的方式持续发挥着自己的作用，这是制度创新的积极意义所在。
　　制度创新的核心内容是社会政治、经济和管理等制度的革新，是支配人们行为和相互关系的规则的变更，是组织与其外部环境相互关系的变更。制度创新的直接结果是激发人们的创造性和积极性，促使不断创造新的知识和社会资源的合理配置及社会财富源源不断地涌现，最终推动社会的进步。同时，良好的制度环境本身也是创新的产物。社会制度表面调节的是人与人的关系，但实质上调节的是人与自然的关系。据此，要走出仅限于人水关系层面以求解决矛盾的思路，构筑人水和谐的推动系统，科学有效地推进人水关系走向和谐。
　　一、创新涉水法律、政策体系
　　在人水失和的种种问题面前，各级党委、政府必须根据人与自然和谐相处的新思路，把人水可持续发展的基本要求贯串于涉水法律、法规体系建设的整体过程。从立法质量、水法规配套实施细则、加强水行政部门的职能、增强公众的水法规意识等方面精心努力，加强水权法、跨流域调水法和节水法等法规，完善水法规制度体系，坚持依法管水。只有创新构建和贯彻落实水法规，才能有效地规范涉水行业的发展秩序和治水行为，以确保人水和谐目标的实现。
　　二、创新构建水管理规范体系
　　要增强水资源管理的科学性，理顺水管理的体制。
　　一是创新水污染治理法律法规，对造成水污染的各种行为进行有效的经济与法律制裁。特别是要加强排污费和超标排放的罚款的收缴，以改变排污者的行为，补偿污染的治理成本，对恶意污染水的行为人进行严厉的法律制裁。
　　二是统筹地下水与地表水、上游与下游、城市用水与农业灌溉用水、工业布局与水资源条件的科学管理。改变水资源管理与水污染控制的分离和国家与地方部门的条块分割，按照流域管理与区域管理相结合的原则，建立国家、流域、省、市和县五级水资源管理机构。通过“一龙管水，多龙治水”的模式，对江河中下游、城市与乡村、水量与水质、地表水与地下水、供水与需水、用水与防治污染等，实行统一规划和统一管理。建立起城市和农村、水源和供水、供水和排水、用水与节水、治污和回用等统一管理的城乡水务一体化管理体制，实行统一规划、统一调度、统一管理、统一调配、统一监控，统筹生活、生产、生态用水，实施水资源开发利用、用水效率控制、水功能区限制纳污“三条红线”管理制度，实现水管理的制度化、规范化、法制化、科学化、公开化，大力提高管理效率和管理水平。特别要加强以流域为单元，建立权威、高效、协调的流域水资源统一管理体制，实行防洪减灾、城乡供水以及水污染防治、保护水生态环境等的统一管理。以城市为重点，完善区域水资源统一管理体制，对城乡防洪、排涝、蓄水、供水、用水、节水、水能开发、污水处理及再利用、地下水回灌等涉水事务实行统一管理。在人与水的关系上，坚持节流与开源并举，节流优先，治污为本，使水资源得到合理开发、优化配置、高效利用和有效保护，逐步建立节水防污型社会，从而减轻自然灾害，合理利用水资源，维系良好的生态环境，实现人水的和谐。
　　三、创新构建水规划推进体系
　　进行水规划工作，必须将水源保护战略思想融入其中，做到未雨绸缪。应对缺水危机，就是要在摸清相关水情的基础上，根据经济发展的需要，把全面规划与解决本流域、本地区的突出问题有机结合起来，实事求是、因地制宜地编制定位清晰、功能互补、协调衔接的现代水管理规划体系。搞好顶层设计，变被动为主动，促进水与社会经济全面、协调、可持续发展。
　　四、创新构建水权制度
　　建立水权制度，是建设节水型社会的基础。要充分发挥政府的主导作用，确保公共利益和水资源的可持续利用，保障公民的基本生活用水权利和用水安全，保障生态用水和环境用水。要建立水资源取、供、用、排、回用全过程的用水管理制度体系，健全取水许可制度和水资源有偿使用制度，建立健全排污许可制度和污染者付费制度，建立用水计量与统计制度，发展节水高效的农业和生态农业。只有通过水权制度的建立，才能促进水权的明晰和用水权产权的明晰，为水价真正走向市场化管理奠定基础。
　　创建完善水权制度，要正确处理资源保护和发展经济的关系、行政管理与市场机制的关系，既引入市场机制又要加强行政管理。要正确处理价格杠杆和社会承受力的关系，注重运用经济手段，按照补偿成本、合理收益、优质优价、公平负担的原则，制定科学合理的水价政策。“超用加价，节约有奖，转让有偿”，充分发挥价格对促进节水和防污的杠杆作用，合理确定和调整回用水价格，促进中水回收和再生水利用。通过价格杠杆推动公众少用水，用好水，用得起水。要正确处理统一管理和分类指导的关系、开源与节流的关系，既坚持水资源的统一管理又要对不同行业、不同地区分类指导，通过适当的措施合理开发新资源，做到开源与节流并重。