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目的 观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成.方法 采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度.结果 树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差异无统计学意义.α多样性分析,树鼩肠道3个部位菌群的Chao1指数、PD指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数差异无统计学意义,相对于回肠,盲肠与结肠菌群多样性的相似性较高.Rank-Abundance曲线显示,回肠菌群的丰富度较高且分布较均匀.β多样性分析,树鼩回肠菌群结构差异性较小,盲肠与结肠菌群结构差异较大.树鼩肠道菌群共检出26个门,17个门在3个组共存.互养菌门(Synergistetes)、Rokubacteria门、奇古菌门(Thaumarchaeota)、TA06门仅见于回肠;衣原体门(Chlamydiae)为盲肠中特有;迷踪菌门(Elusimicrobia)仅在结肠中发现.共获得414个属,结肠、盲肠、回肠中独有属分别为15个、7个、3个.共发现530个种,其中唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)丰富度最高.Random Forest分析结果显示,在树鼩回肠、盲肠、结肠中发现7个生物标记物.结论 树鼩回肠、盲肠、结肠肠道菌群多样性差异无显著性,但相对于结肠与盲肠,回肠菌群丰富度较高且分布较均匀.树鼩3个肠道部位具有各自独特的菌群.