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杂种优势是一个复杂的生物学现象，由生理、生化和分子机制共同决定。在群体水平上，作物产量取决于作物与环境、个体与群体、个体各个器官之间的协调，杂交育种追求群体优势。在个体水平上追求在特定群体条件下有利于单株产量形成的性状集合，该集合由优势性状、零优势性状和负优势性状组成。杂交导致后代发生遗传变化的机制可分3类：亲本等位基因一致、亲本等位基因不同、亲本含有不同的非等位基因。杂种优势是上述3类基因协调组合和表达的结果，可称为“协调基因表达谱”。该基因表达谱的创建涉及3个阶段的基因重组，即创造自交系选育群体的杂交