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水蛇亚科属于游蛇科，包含10个属。其中7个属为单型属。选取水蛇亚科14个形态学特征进行支序分析，并利用计算机软件Hennig86对水蛇亚科中8个属之间的系统发育关系进行初步探讨，结果显示水蛇亚科分为两支：Gemrda和Fordonia两个属构成姊妹群，Cerberus、Erpeton和Homalopsis三个属也构成单系群，与Voris et al（2002）的分子系统树相同，但Cantoria属的地位则与Voriseta1（2002）的明显不同。