【摘 要】
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目的 揭示中国南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力.方法 用Illumina Hiseq 2000测序仪对T.swinhoei元基因组DNA进行测序,用MG-RAST平台对共生微生物种群结构
【机 构】
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上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,生命科学技术学院,上海,200240
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目的 揭示中国南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力.方法 用Illumina Hiseq 2000测序仪对T.swinhoei元基因组DNA进行测序,用MG-RAST平台对共生微生物种群结构和功能进行分析,并比较此海绵与其他海绵的次级代谢差异.用fragment recruitment方法评估T.swinhoei元基因组中具有代表性的微生物在此种海绵和其他生境中的丰度.用antiSMASH预测T.swinhoei元基因组中次级代谢产物生物合成基因簇,并通过序列比对分析其来源.结果 T.swinhoei共生微生物主要包括Proteobacteria (30.5％)、Actinobacteria(6.2％)、Poribacteria(3.6％)、Firmicutes(3.5％)、Chloroflexi(2.6％)和Cyanobacteria(2.1％).Candidatus Entotheonella sp.TSY1和Candidatus Entotheonella sp.TSY2在T.swinhoei中的丰度比其他生境高很多.T.swinhoei共生微生物中聚酮合酶模块和相关蛋白(COG3321)以及非核糖体肽合成酶模块和相关蛋白(COG1020)基因的比例比其他海绵共生微生物中的比例高.次级代谢产物生物合成基因簇除来自Candidatus Entotheonella外,还有许多来自未知的共生细菌和可能的蓝细菌.结论 中国南海海绵T.swinhoei共生微生物具有很强的次级代谢潜力,为研究海绵天然产物微生物来源提供了依据,同时为进一步开发利用T.swinhoei共生微生物资源提供了基础.
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