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大学是知识创新的基本力量和战略高地。我国大学尚存在诸多不利于知识创新的组织因素，主要表现在：刚性的组织目标导致科研与教学之间的疏离，大学组织的综合创新能力不足；纵向“科层制”的组织结构削弱了大学组织的学术活力；破坏性的评价系统遏制了大学组织成员的创造潜力；“单位制”的传统孕育了狭隘性的组织氛围，难以形成知识创新的合力。大学知识创新的特性决定了对其组织创新的要求，大学组织创新的重点为促进知识开发，其效率标准是知识生产与创新的效率，因而行政权力的弱化、学术机制作用加强、管理的柔性化将是大学组织创新的取向。