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在借用并优化刘君构建的区域高等教育科技创新能力评价指标体系的基础上，对2005-2016年全国30个省市自治区的高等教育科技创新能力进行了评价。研究显示，全国各省域的高等教育科技创新能力总体不断提高并保持良好发展趋势，但不同区域间高等教育科技发展存有较大差距。在科技创新结构方面，高等教育科技创新能力、区域经济发展水平与区域科技发展水平虽有提高，但高等教育科技创新能力始终落后于区域经济发展水平与区域科技发展水平。为此，可通过建设科技城、实施高等教育圈发展战略等措施提升区域高等教育科技创新能力。