魏晋南北朝时期以军府为核心的军事行政体制逐步楔入国家行政体制,军事行政体制侵蚀民政,出现以"军"代"民"的情况。在这一转变过程中,西晋实为关键时期。西晋武帝时期,军府制度先后经过两次重大改革:一是都督制与封王制度相配合;二是罢州郡兵。平吴之后,晋武帝改革的重点在于军政分途,逐步恢复汉代地方制度,即刺史负责监察,民事由郡国守相管理,军事主要由都督负责。西晋后期,政局动荡,地方军权和行政权相互渗透,重新出现军政高度合一的态势,导致都督之权极度扩张,出现了多州都督与郡都督,都督区域的盈缩变化表明了都督本身军政职能与权力的变化。西晋末期,刺史加将军号拥有军权,都督也领刺史而有相当之行政权,拥有军事实力的都督,可以选置刺史、郡太守这一级别的行政官员。都督制度的变化对东晋南朝军制的影响十分深远。