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微生物次级代谢产物结构复杂多样,具有抗细菌、抗真菌、抗肿瘤、抗病毒和免疫抑制等多种生物活性,是微生物药物开发的源泉。当前,微生物药物研究面临一些挑战:快速发现结构新颖、生物活性突出的化合物;理性化提高产生菌的发酵效价;以及以微生物为新宿主,实现一些重要天然药物的工业生产。合成生物学是在系统生物学和代谢工程等基础上发展起来的一门学科。本文对合成生物学在发现微生物新次级代谢产物、提高现有微生物药物合成水平和创制微生物次级代谢产物方面的研究进展进行了阐述。