大豆基因组GmSRK及其同源基因的生物信息学分析

来源 :大豆科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hjiejngd
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以野生大豆GsSRK氨基酸序列为检索序列,在Phytozome数据库中查找大豆基因组中其同源基因GmSRK。利用Phytozome数据库以及MEGA5.0,ClustalX等软件挖掘大豆基因组GmSRK同源基因,最终确定同源性较高的2个基因Glyma12g21640和Glyma08g06550。对GmSRK、Glyma12g21640和Glyma08g06550这3个基因进行基因结构,染色体定位,蛋白理化性质、一级、二级结构分析,结果表明三者均含有6个内含子,7个外显子;定位于3条不同染色体上;都具有B-lectin,S_locus_glycop,PAN_AP以及S_TKc四个结构域,属于G-type外源凝集素类受体蛋白激酶。进化树分析发现GmSRK与Glyma12g21640亲缘关系最近且与四季豆、苜蓿中同源蛋白聚为一支,Glyma08g06550与拟南芥RLKs亲缘关系较近。
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