保留非全长读段的ISO-seq数据转录组表达分析

来源 :数据采集与处理 | 被引量 : 0次 | 上传用户：kaishizai2009

【摘要】

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近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较

【作者】

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刘学军瞿锡垚张礼

【机构】

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南京航空航天大学计算机科学与技术学院,南京林业大学信息科学技术学院

【出处】

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数据采集与处理

【发表日期】

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2019年4期

【关键词】

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PacBio ISO-seq 转录组表达第三代测序技术新型异构体检测多源映射 PacBio ISO-seq transcriptome expressio

【基金项目】

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国家自然科学基金(61802193)资助项目,江苏省自然科学基金(BK20170934)资助项目

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近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在保留非全长读段的基础上提出了两个能同时预测异构体结构和计算其表达比例的模型基于狄利克雷采样的异构体探测与预测(Dirichletsampling for isoform detection and prediction,DSIDP)和基于马尔科夫链的异构体探测与预测(Markovc

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