火炬松热胁迫cDNA文库的表达谱分析

来源 :生物信息学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：Dustin65928

【摘要】

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以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析。研究结果如下：从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松热胁

【作者】

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林元震陈晓阳郭海刘纯鑫黄少伟

【机构】

：

华南农业大学林学院,华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室,水利部水土保持植物中心

【出处】

：

生物信息学

【发表日期】

：

2010年3期

【关键词】

：

火炬松 EST 热胁迫表达谱 Pinus teada EST heat stress expression profiling

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以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析。研究结果如下：从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松热胁迫cDNA文库的所有EST序列,共4 283条。EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons。对UniGene进行同源检索,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分三个不同分类角度分类,被赋予功能的基因数累计达4 661个,但365个（17.7

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