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海岛棉（Gossypium barbadense）是世界上最重要的栽培棉种之一。海岛棉纤维品质优良，是优质棉的重要产源。为了研究海岛棉的遗传多样性，为海岛棉育种提供参考依据，从海岛棉遗传标准系中分离基因组来源的微卫星标记用于海岛棉遗传评价。采用两种方法分离微卫星标记，一是用ISSR （inter simple sequence repeat） 引物扩增Pima3-79，克隆测序后从中开发微卫星标记；二是利用简并引物扩增Pima3-79，克隆测序后从中开发微卫星标记。共挑选1 447个克隆，筛选出239个独