鉴定气单胞菌DNA条形码的筛选与评价

来源 :动物医学进展 | 被引量 : 0次 | 上传用户：JK0803_gengjixiang

【摘要】

：

为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属(Aeromonas)进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序

【作者】

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许承佳李梅李茵茵杨呈勇李丹周锐涛张适阳林惠超

【机构】

：

广东药科大学药学院,电子科技大学中山学院,广东腾飞基因科技股份有限公司

【出处】

：

动物医学进展

【发表日期】

：

2020年8期

【关键词】

：

DNA条形码气单胞菌遗传距离 DNA条形码间隙 DNA barcodeAeromonasgenetic distanceDNA barcoding gap

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(30871648),广东省教育厅质量工程实验教学示范中心立项项目(S-SYZX2018),广东省大学生科技创新培育专项(攀登计划重点项目)(pdjh2019a0587),广东省基因与蛋白质工程技术研究中心立项项目(418S43),中山市社会公益重大项目(2019B2013)

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为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属(Aeromonas)进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序列扩增测序成功率、DNA条形码间隙(DNA barcoding gap)和系统发育树作为评价条形码片段的指标,筛选出该属的DNA条形码。分析表明,cpn60基因的扩增及测序的成功率最高,种内遗传平均距离(0.017)和种间遗传平均距离(0.133)差异显著,且存在较明显的DNA barcoding gap,表明

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